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lib/Bio/MUST/Apps/FortyTwo/Manual.pod  view on Meta::CPAN

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# [DONE] 4c. Un utilisateur qui n'a pas besoin de tax_filter ou qui ne comprend pas ce que c'est se demande, après lecture de ce paragraphe, ce qu'il doit faire concernant cette partie. Est-ce qu'il doit préparer quelque chose quand même, ou pourr...
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# [DONE] 5. Je n'ai pas trouvé d'explications dans le manuel (ou je n'ai pas compris que les explications portaient sur cela) au sujet de ces 4 paramètres dans le wizzard
# Set ref_brh_mode
# Set reference banks suffix
# Set trim_max_shift
# Set candiate banks suffix
# En fait, il y a plus d'explications dans le fichier yaml lui-même, mais puisqu'on ne l'a pas encore quand on lance le premier wizzard, il faudrait que les explications arrivent plus tôt, soit dans le manuel soit dans le wizzard
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# [DONE] 6. Si je prépare un fichier config localement pour ensuite l'uploader sur un cluster, si je veux indiquer le path vers le dossier qui contient les génomes de référence, ou vers les génomes à miner sur le cluster, je vais me retrouver a...

__END__

=pod

=head1 NAME

FortyTwo::Manual - User Guide for Forty-Two

=head1 VERSION

lib/Bio/MUST/Apps/FortyTwo/Manual.pod  view on Meta::CPAN

The wizard does its best to assist you in building your C<config> file. In
particular, it scans the directories you specify for relevant files. Hence, to
identify the C<banks> and C<ref_banks> files, it looks for files ending with
a specific suffix. These suffices can be provided using the C<bank_suffix> and
C<ref_bank_suffix> options, respectively. If your banks are built from protein
sequences, use C<.psq>; otherwise, for nucleotide sequences, use C<.nsq>.

Because of this scanning behavior, it is better to prepare your files directly
on the computer on which you plan to run C<42>. If you try to prepare your
C<config> file locally (for subsequent upload on a remote computer), it is very
likely that the wizard complains about some directories not being found.

=head3 Command-line options

Since the configuration (C<config>) file specifies all the details, running
C<42> boils down to a simple command:

    $ forty-two.pl --config=config.yaml *.fasta

By default, C<42> is very terse. Yet it can be made quite verbose using the