namespace::autoclean results from the CPAN

namespace::autoclean

CLIPSeqTools

view release on metacpan or search on metacpan

41
42
43
44
45
46
47
48
49
50
51
52
53
54
55
56
57
58
59
60
61          "Modern::Perl" : "0",
         "Moose" : "0",
         "MooseX::App" : "0",
         "MooseX::App::Command" : "0",
         "MooseX::App::Role" : "0",
         "MooseX::Getopt" : "0",
         "PDL" : "2.007",
         "Statistics::R" : "0",
         "Try::Tiny" : "0",
         "autodie" : "0",
         "namespace::autoclean" : "0"
      }
   }
},
"release_status" : "stable",
"resources" : {
   "bugtracker" : {
      "web" : "https://github.com/mnsmar/clipseqtools/issues"
   },
   "homepage" : "https://github.com/mnsmar/clipseqtools",
   "repository" : {

META.yml view on Meta::CPAN

33
34
35
36
37
38
39
40
41
42
43
44
45
46
47
48
49
50
51   Modern::Perl: '0'
  Moose: '0'
  MooseX::App: '0'
  MooseX::App::Command: '0'
  MooseX::App::Role: '0'
  MooseX::Getopt: '0'
  PDL: '2.007'
  Statistics::R: '0'
  Try::Tiny: '0'
  autodie: '0'
  namespace::autoclean: '0'
resources:
  bugtracker: https://github.com/mnsmar/clipseqtools/issues
  homepage: https://github.com/mnsmar/clipseqtools
  repository: https://github.com/mnsmar/clipseqtools.git
version: 1.0.0
x_generated_by_perl: v5.30.1
x_serialization_backend: 'YAML::Tiny version 1.73'
x_spdx_expression: 'Artistic-1.0-Perl OR GPL-1.0-or-later'

Makefile.PL view on Meta::CPAN

42
43
44
45
46
47
48
49
50
51
52
53
54
55
56
57
58
59
60
61
62     "Modern::Perl" => 0,
    "Moose" => 0,
    "MooseX::App" => 0,
    "MooseX::App::Command" => 0,
    "MooseX::App::Role" => 0,
    "MooseX::Getopt" => 0,
    "PDL" => "2.007",
    "Statistics::R" => 0,
    "Try::Tiny" => 0,
    "autodie" => 0,
    "namespace::autoclean" => 0
  },
  "VERSION" => "1.0.0",
  "test" => {
    "TESTS" => ""
  }
);
 
 
my %FallbackPrereqs = (
  "DBD::SQLite" => 0,

lib/CLIPSeqTools/App/cluster_size_and_score_distribution.pm view on Meta::CPAN

53
54
55
56
57
58
59
60
61
62
63
64
65
66
67
68
69
70
71
72
73 # Make it an app command
use MooseX::App::Command;
extends 'https://metacpan.org/pod/CLIPSeqTools::App">CLIPSeqTools::App';
 
 
#######################################################################
#######################   Load External modules   #####################
#######################################################################
use Modern::Perl;
use autodie;
use namespace::autoclean;
use File::Spec;
 
 
#######################################################################
########################   Load GenOO modules   #######################
#######################################################################
use GenOO::GenomicRegion;
 
 
#######################################################################

lib/CLIPSeqTools/App/conservation_distribution.pm view on Meta::CPAN

48
49
50
51
52
53
54
55
56
57
58
59
60
61
62
63
64
65
66 # Make it an app command
use MooseX::App::Command;
extends 'https://metacpan.org/pod/CLIPSeqTools::App">CLIPSeqTools::App';
 
 
#######################################################################
#######################   Load External modules   #####################
#######################################################################
use Modern::Perl;
use autodie;
use namespace::autoclean;
use File::Spec;
use Data::Dumper;
 
 
#######################################################################
########################   Load GenOO modules   #######################
#######################################################################
use GenOO::GenomicRegion;

lib/CLIPSeqTools/App/count_reads_on_genic_elements.pm view on Meta::CPAN

56
57
58
59
60
61
62
63
64
65
66
67
68
69
70
71
72
73
74
75
76 # Make it an app command
use MooseX::App::Command;
extends 'https://metacpan.org/pod/CLIPSeqTools::App">CLIPSeqTools::App';
 
 
#######################################################################
#######################   Load External modules   #####################
#######################################################################
use Modern::Perl;
use autodie;
use namespace::autoclean;
 
 
#######################################################################
##########################   Consume Roles   ##########################
#######################################################################
with
        "CLIPSeqTools::Role::Option::Library" => {
                -alias    => { validate_args => '_validate_args_for_library' },
                -excludes => 'validate_args',
        },

lib/CLIPSeqTools/App/distribution_on_genic_elements.pm view on Meta::CPAN

59
60
61
62
63
64
65
66
67
68
69
70
71
72
73
74
75
76
77
78
79 # Make it an app command
use MooseX::App::Command;
extends 'https://metacpan.org/pod/CLIPSeqTools::App">CLIPSeqTools::App';
 
 
#######################################################################
#######################   Load External modules   #####################
#######################################################################
use Modern::Perl;
use autodie;
use namespace::autoclean;
 
 
#######################################################################
#######################   Command line options   ######################
#######################################################################
option 'bins' => (
        is            => 'rw',
        isa           => 'Int',
        default       => 5,
        documentation => 'number of bins each element is split into.',

lib/CLIPSeqTools/App/distribution_on_introns_exons.pm view on Meta::CPAN

59
60
61
62
63
64
65
66
67
68
69
70
71
72
73
74
75
76
77
78
79 # Make it an app command
use MooseX::App::Command;
extends 'https://metacpan.org/pod/CLIPSeqTools::App">CLIPSeqTools::App';
 
 
#######################################################################
#######################   Load External modules   #####################
#######################################################################
use Modern::Perl;
use autodie;
use namespace::autoclean;
 
 
#######################################################################
#######################   Command line options   ######################
#######################################################################
option 'bins' => (
        is            => 'rw',
        isa           => 'Int',
        default       => 5,
        documentation => 'number of bins each element is split into.',

lib/CLIPSeqTools/App/export_bed.pm view on Meta::CPAN

52
53
54
55
56
57
58
59
60
61
62
63
64
65
66
67
68
69
70
71
72 # Make it an app command
use MooseX::App::Command;
extends 'https://metacpan.org/pod/CLIPSeqTools::App">CLIPSeqTools::App';
 
 
#######################################################################
#######################   Load External modules   #####################
#######################################################################
use Modern::Perl;
use autodie;
use namespace::autoclean;
 
 
#######################################################################
##########################   Consume Roles   ##########################
#######################################################################
with
        "CLIPSeqTools::Role::Option::Library" => {
                -alias    => { validate_args => '_validate_args_for_library' },
                -excludes => 'validate_args',
        },

lib/CLIPSeqTools/App/genome_coverage.pm view on Meta::CPAN

53
54
55
56
57
58
59
60
61
62
63
64
65
66
67
68
69
70
71
72
73 # Make it an app command
use MooseX::App::Command;
extends 'https://metacpan.org/pod/CLIPSeqTools::App">CLIPSeqTools::App';
 
 
#######################################################################
#######################   Load External modules   #####################
#######################################################################
use Modern::Perl;
use autodie;
use namespace::autoclean;
use PDL::Lite;
 
 
#######################################################################
#######################   Command line options   ######################
#######################################################################
option 'rname_sizes' => (
        is            => 'rw',
        isa           => 'Str',
        required      => 1,

lib/CLIPSeqTools/App/genomic_distribution.pm view on Meta::CPAN

49
50
51
52
53
54
55
56
57
58
59
60
61
62
63
64
65
66
67
68
69 # Make it an app command
use MooseX::App::Command;
extends 'https://metacpan.org/pod/CLIPSeqTools::App">CLIPSeqTools::App';
 
 
#######################################################################
#######################   Load External modules   #####################
#######################################################################
use Modern::Perl;
use autodie;
use namespace::autoclean;
 
 
#######################################################################
##########################   Consume Roles   ##########################
#######################################################################
with
        "CLIPSeqTools::Role::Option::Library" => {
                -alias    => { validate_args => '_validate_args_for_library' },
                -excludes => 'validate_args',
        },

lib/CLIPSeqTools/App/nmer_enrichment_over_shuffled.pm view on Meta::CPAN

53
54
55
56
57
58
59
60
61
62
63
64
65
66
67
68
69
70
71
72
73 # Make it an app command
use MooseX::App::Command;
extends 'https://metacpan.org/pod/CLIPSeqTools::App">CLIPSeqTools::App';
 
 
#######################################################################
#######################   Load External modules   #####################
#######################################################################
use Modern::Perl;
use autodie;
use namespace::autoclean;
use List::Util qw(sum max);
use List::Util qw(shuffle);
 
 
#######################################################################
#######################   Command line options   ######################
#######################################################################
option 'nmer_length' => (
        is            => 'rw',
        isa           => 'Int',

lib/CLIPSeqTools/App/nucleotide_composition.pm view on Meta::CPAN

48
49
50
51
52
53
54
55
56
57
58
59
60
61
62
63
64
65
66
67
68 # Make it an app command
use MooseX::App::Command;
extends 'https://metacpan.org/pod/CLIPSeqTools::App">CLIPSeqTools::App';
 
 
#######################################################################
#######################   Load External modules   #####################
#######################################################################
use Modern::Perl;
use autodie;
use namespace::autoclean;
use List::Util qw(sum);
 
 
#######################################################################
##########################   Consume Roles   ##########################
#######################################################################
with
        "CLIPSeqTools::Role::Option::Library" => {
                -alias    => { validate_args => '_validate_args_for_library' },
                -excludes => 'validate_args',

lib/CLIPSeqTools/App/reads_long_gaps_size_distribution.pm view on Meta::CPAN

53
54
55
56
57
58
59
60
61
62
63
64
65
66
67
68
69
70
71
72
73 # Make it an app command
use MooseX::App::Command;
extends 'https://metacpan.org/pod/CLIPSeqTools::App">CLIPSeqTools::App';
 
 
#######################################################################
#######################   Load External modules   #####################
#######################################################################
use Modern::Perl;
use autodie;
use namespace::autoclean;
 
 
#######################################################################
##########################   Consume Roles   ##########################
#######################################################################
with
        "CLIPSeqTools::Role::Option::Library" => {
                -alias    => { validate_args => '_validate_args_for_library' },
                -excludes => 'validate_args',
        },

lib/CLIPSeqTools/App/size_distribution.pm view on Meta::CPAN

48
49
50
51
52
53
54
55
56
57
58
59
60
61
62
63
64
65
66
67
68 # Make it an app command
use MooseX::App::Command;
extends 'https://metacpan.org/pod/CLIPSeqTools::App">CLIPSeqTools::App';
 
 
#######################################################################
#######################   Load External modules   #####################
#######################################################################
use Modern::Perl;
use autodie;
use namespace::autoclean;
use List::Util qw(min max);
 
 
#######################################################################
##########################   Consume Roles   ##########################
#######################################################################
with
        "CLIPSeqTools::Role::Option::Library" => {
                -alias    => { validate_args => '_validate_args_for_library' },
                -excludes => 'validate_args',

lib/CLIPSeqTools/CompareApp/all.pm view on Meta::CPAN

74
75
76
77
78
79
80
81
82
83
84
85
86
87
88
89
90
91
92
93
94 # Make it an app command
use MooseX::App::Command;
extends 'https://metacpan.org/pod/CLIPSeqTools::CompareApp">CLIPSeqTools::CompareApp';
 
 
#######################################################################
#######################   Load External modules   #####################
#######################################################################
use Modern::Perl;
use autodie;
use namespace::autoclean;
 
 
#######################################################################
#######################   Command line options   ######################
#######################################################################
option 'rname_sizes' => (
        is            => 'rw',
        isa           => 'Str',
        required      => 1,
        documentation => 'file with sizes for reference alignment sequences '.

lib/CLIPSeqTools/CompareApp/compare_counts.pm view on Meta::CPAN

48
49
50
51
52
53
54
55
56
57
58
59
60
61
62
63
64
65
66
67
68 # Make it an app command
use MooseX::App::Command;
extends 'https://metacpan.org/pod/CLIPSeqTools::CompareApp">CLIPSeqTools::CompareApp';
 
 
#######################################################################
#######################   Load External modules   #####################
#######################################################################
use Modern::Perl;
use autodie;
use namespace::autoclean;
use File::Spec;
use File::Path qw(make_path);
use Data::Table;
use List::Util qw(min);
 
 
#######################################################################
#######################   Command line options   ######################
#######################################################################
option 'table' => (

lib/CLIPSeqTools/CompareApp/join_tables.pm view on Meta::CPAN

64
65
66
67
68
69
70
71
72
73
74
75
76
77
78
79
80
81
82
83
84 # Make it an app command
use MooseX::App::Command;
extends 'https://metacpan.org/pod/CLIPSeqTools::CompareApp">CLIPSeqTools::CompareApp';
 
 
#######################################################################
#######################   Load External modules   #####################
#######################################################################
use Modern::Perl;
use autodie;
use namespace::autoclean;
 
 
#######################################################################
#######################   Command line options   ######################
#######################################################################
option 'table' => (
        is            => 'rw',
        isa           => 'ArrayRef',
        required      => 1,
        documentation => 'tsv file. Use multiple times to specify multiple tables.',

lib/CLIPSeqTools/CompareApp/libraries_overlap_stats.pm view on Meta::CPAN

64
65
66
67
68
69
70
71
72
73
74
75
76
77
78
79
80
81
82
83
84 # Make it an app command
use MooseX::App::Command;
extends 'https://metacpan.org/pod/CLIPSeqTools::CompareApp">CLIPSeqTools::CompareApp';
 
 
#######################################################################
#######################   Load External modules   #####################
#######################################################################
use Modern::Perl;
use autodie;
use namespace::autoclean;
use PDL::Lite; $PDL::BIGPDL = 0; $PDL::BIGPDL++; # enable huge pdls
 
 
#######################################################################
#######################   Command line options   ######################
#######################################################################
option 'rname_sizes' => (
        is            => 'rw',
        isa           => 'Str',
        required      => 1,

lib/CLIPSeqTools/CompareApp/libraries_relative_read_density.pm view on Meta::CPAN

69
70
71
72
73
74
75
76
77
78
79
80
81
82
83
84
85
86
87
88
89 # Make it an app command
use MooseX::App::Command;
extends 'https://metacpan.org/pod/CLIPSeqTools::CompareApp">CLIPSeqTools::CompareApp';
 
 
#######################################################################
#######################   Load External modules   #####################
#######################################################################
use Modern::Perl;
use autodie;
use namespace::autoclean;
use PDL::Lite; $PDL::BIGPDL = 0; $PDL::BIGPDL++; # enable huge pdls
 
 
#######################################################################
#######################   Command line options   ######################
#######################################################################
option 'rname_sizes' => (
        is            => 'rw',
        isa           => 'Str',
        required      => 1,

lib/CLIPSeqTools/PlotApp/cluster_size_and_score_distribution.pm view on Meta::CPAN

32
33
34
35
36
37
38
39
40
41
42
43
44
45
46
47
48
49
50
51
52 # Make it an app command
use MooseX::App::Command;
extends 'https://metacpan.org/pod/CLIPSeqTools::PlotApp">CLIPSeqTools::PlotApp';
 
 
#######################################################################
#######################   Load External modules   #####################
#######################################################################
use Modern::Perl;
use autodie;
use namespace::autoclean;
use Statistics::R;
 
 
#######################################################################
#######################   Command line options   ######################
#######################################################################
option 'cluster_sizes_file' => (
        is            => 'rw',
        isa           => 'Str',
        required      => 1,

lib/CLIPSeqTools/PlotApp/conservation_distribution.pm view on Meta::CPAN

31
32
33
34
35
36
37
38
39
40
41
42
43
44
45
46
47
48
49
50
51 # Make it an app command
use MooseX::App::Command;
extends 'https://metacpan.org/pod/CLIPSeqTools::PlotApp">CLIPSeqTools::PlotApp';
 
 
#######################################################################
#######################   Load External modules   #####################
#######################################################################
use Modern::Perl;
use autodie;
use namespace::autoclean;
use Statistics::R;
 
 
#######################################################################
#######################   Command line options   ######################
#######################################################################
option 'file' => (
        is            => 'rw',
        isa           => 'Str',
        required      => 1,

lib/CLIPSeqTools/PlotApp/distribution_on_genic_elements.pm view on Meta::CPAN

31
32
33
34
35
36
37
38
39
40
41
42
43
44
45
46
47
48
49
50
51 # Make it an app command
use MooseX::App::Command;
extends 'https://metacpan.org/pod/CLIPSeqTools::PlotApp">CLIPSeqTools::PlotApp';
 
 
#######################################################################
#######################   Load External modules   #####################
#######################################################################
use Modern::Perl;
use autodie;
use namespace::autoclean;
use Statistics::R;
 
 
#######################################################################
#######################   Command line options   ######################
#######################################################################
option 'file' => (
        is            => 'rw',
        isa           => 'Str',
        required      => 1,

lib/CLIPSeqTools/PlotApp/distribution_on_introns_exons.pm view on Meta::CPAN

31
32
33
34
35
36
37
38
39
40
41
42
43
44
45
46
47
48
49
50
51 # Make it an app command
use MooseX::App::Command;
extends 'https://metacpan.org/pod/CLIPSeqTools::PlotApp">CLIPSeqTools::PlotApp';
 
 
#######################################################################
#######################   Load External modules   #####################
#######################################################################
use Modern::Perl;
use autodie;
use namespace::autoclean;
use Statistics::R;
 
 
#######################################################################
#######################   Command line options   ######################
#######################################################################
option 'file' => (
        is            => 'rw',
        isa           => 'Str',
        required      => 1,

lib/CLIPSeqTools/PlotApp/genomic_distribution.pm view on Meta::CPAN

30
31
32
33
34
35
36
37
38
39
40
41
42
43
44
45
46
47
48
49
50 # Make it an app command
use MooseX::App::Command;
extends 'https://metacpan.org/pod/CLIPSeqTools::PlotApp">CLIPSeqTools::PlotApp';
 
 
#######################################################################
#######################   Load External modules   #####################
#######################################################################
use Modern::Perl;
use autodie;
use namespace::autoclean;
use Statistics::R;
 
 
#######################################################################
#######################   Command line options   ######################
#######################################################################
option 'file' => (
        is            => 'rw',
        isa           => 'Str',
        required      => 1,

lib/CLIPSeqTools/PlotApp/libraries_relative_read_density.pm view on Meta::CPAN

31
32
33
34
35
36
37
38
39
40
41
42
43
44
45
46
47
48
49
50
51 # Make it an app command
use MooseX::App::Command;
extends 'https://metacpan.org/pod/CLIPSeqTools::PlotApp">CLIPSeqTools::PlotApp';
 
 
#######################################################################
#######################   Load External modules   #####################
#######################################################################
use Modern::Perl;
use autodie;
use namespace::autoclean;
use Statistics::R;
 
 
#######################################################################
#######################   Command line options   ######################
#######################################################################
option 'file' => (
        is            => 'rw',
        isa           => 'Str',
        required      => 1,

lib/CLIPSeqTools/PlotApp/nucleotide_composition.pm view on Meta::CPAN

31
32
33
34
35
36
37
38
39
40
41
42
43
44
45
46
47
48
49
50
51 # Make it an app command
use MooseX::App::Command;
extends 'https://metacpan.org/pod/CLIPSeqTools::PlotApp">CLIPSeqTools::PlotApp';
 
 
#######################################################################
#######################   Load External modules   #####################
#######################################################################
use Modern::Perl;
use autodie;
use namespace::autoclean;
use Statistics::R;
 
 
#######################################################################
#######################   Command line options   ######################
#######################################################################
option 'file' => (
        is            => 'rw',
        isa           => 'Str',
        required      => 1,

lib/CLIPSeqTools/PlotApp/reads_long_gaps_size_distribution.pm view on Meta::CPAN

31
32
33
34
35
36
37
38
39
40
41
42
43
44
45
46
47
48
49
50
51 # Make it an app command
use MooseX::App::Command;
extends 'https://metacpan.org/pod/CLIPSeqTools::PlotApp">CLIPSeqTools::PlotApp';
 
 
#######################################################################
#######################   Load External modules   #####################
#######################################################################
use Modern::Perl;
use autodie;
use namespace::autoclean;
use Statistics::R;
 
 
#######################################################################
#######################   Command line options   ######################
#######################################################################
option 'file' => (
        is            => 'rw',
        isa           => 'Str',
        required      => 1,

lib/CLIPSeqTools/PlotApp/scatterplot.pm view on Meta::CPAN

39
40
41
42
43
44
45
46
47
48
49
50
51
52
53
54
55
56
57
58
59 # Make it an app command
use MooseX::App::Command;
extends 'https://metacpan.org/pod/CLIPSeqTools::PlotApp">CLIPSeqTools::PlotApp';
 
 
#######################################################################
#######################   Load External modules   #####################
#######################################################################
use Modern::Perl;
use autodie;
use namespace::autoclean;
use Statistics::R;
 
 
#######################################################################
#######################   Command line options   ######################
#######################################################################
option 'table1' => (
        is            => 'rw',
        isa           => 'Str',
        required      => 1,

view all matches for this distribution
view release on metacpan - search on metacpan

( run in 1.336 second using v1.00-cache-2.02-grep-82fe00e-cpan-9cd309a53ab )