CLIPSeqTools

 view release on metacpan or  search on metacpan

META.json  view on Meta::CPAN

            "IO::Interactive" : "0",
            "List::Util" : "0",
            "Modern::Perl" : "0",
            "Moose" : "0",
            "MooseX::App" : "0",
            "MooseX::App::Command" : "0",
            "MooseX::App::Role" : "0",
            "MooseX::Getopt" : "0",
            "PDL" : "2.007",
            "Statistics::R" : "0",
            "Try::Tiny" : "0",
            "autodie" : "0",
            "namespace::autoclean" : "0"
         }
      }
   },
   "release_status" : "stable",
   "resources" : {
      "bugtracker" : {
         "web" : "https://github.com/mnsmar/clipseqtools/issues"
      },

META.yml  view on Meta::CPAN

  IO::Interactive: '0'
  List::Util: '0'
  Modern::Perl: '0'
  Moose: '0'
  MooseX::App: '0'
  MooseX::App::Command: '0'
  MooseX::App::Role: '0'
  MooseX::Getopt: '0'
  PDL: '2.007'
  Statistics::R: '0'
  Try::Tiny: '0'
  autodie: '0'
  namespace::autoclean: '0'
resources:
  bugtracker: https://github.com/mnsmar/clipseqtools/issues
  homepage: https://github.com/mnsmar/clipseqtools
  repository: https://github.com/mnsmar/clipseqtools.git
version: 1.0.0
x_generated_by_perl: v5.30.1
x_serialization_backend: 'YAML::Tiny version 1.73'
x_spdx_expression: 'Artistic-1.0-Perl OR GPL-1.0-or-later'

Makefile.PL  view on Meta::CPAN

    "IO::Interactive" => 0,
    "List::Util" => 0,
    "Modern::Perl" => 0,
    "Moose" => 0,
    "MooseX::App" => 0,
    "MooseX::App::Command" => 0,
    "MooseX::App::Role" => 0,
    "MooseX::Getopt" => 0,
    "PDL" => "2.007",
    "Statistics::R" => 0,
    "Try::Tiny" => 0,
    "autodie" => 0,
    "namespace::autoclean" => 0
  },
  "VERSION" => "1.0.0",
  "test" => {
    "TESTS" => ""
  }
);

Makefile.PL  view on Meta::CPAN

  "IO::Interactive" => 0,
  "List::Util" => 0,
  "Modern::Perl" => 0,
  "Moose" => 0,
  "MooseX::App" => 0,
  "MooseX::App::Command" => 0,
  "MooseX::App::Role" => 0,
  "MooseX::Getopt" => 0,
  "PDL" => "2.007",
  "Statistics::R" => 0,
  "Try::Tiny" => 0,
  "autodie" => 0,
  "namespace::autoclean" => 0
);


unless ( eval { ExtUtils::MakeMaker->VERSION(6.63_03) } ) {
  delete $WriteMakefileArgs{TEST_REQUIRES};
  delete $WriteMakefileArgs{BUILD_REQUIRES};
  $WriteMakefileArgs{PREREQ_PM} = \%FallbackPrereqs;
}

lib/CLIPSeqTools/PreprocessApp/annotate_with_conservation.pm  view on Meta::CPAN

use MooseX::App::Command;
extends 'CLIPSeqTools::PreprocessApp';


#######################################################################
#######################   Load External modules   #####################
#######################################################################
use Modern::Perl;
use autodie;
use namespace::autoclean;
use Try::Tiny;
use PDL::Lite; $PDL::BIGPDL = 0; $PDL::BIGPDL++; # enable huge pdls


#######################################################################
#######################   Command line options   ######################
#######################################################################
option 'rname_sizes' => (
	is            => 'rw',
	isa           => 'Str',
	required      => 1,

lib/CLIPSeqTools/PreprocessApp/annotate_with_deletions.pm  view on Meta::CPAN

use MooseX::App::Command;
extends 'CLIPSeqTools::PreprocessApp';


#######################################################################
#######################   Load External modules   #####################
#######################################################################
use Modern::Perl;
use autodie;
use namespace::autoclean;
use Try::Tiny;


#######################################################################
############################   Attributes   ###########################
#######################################################################
has 'column' => (
	is            => 'rw',
	isa           => 'Str',
	default       => 'deletion',
	documentation => 'name for the new annotation column.',

lib/CLIPSeqTools/PreprocessApp/annotate_with_file.pm  view on Meta::CPAN

use MooseX::App::Command;
extends 'CLIPSeqTools::PreprocessApp';


#######################################################################
#######################   Load External modules   #####################
#######################################################################
use Modern::Perl;
use autodie;
use namespace::autoclean;
use Try::Tiny;


#######################################################################
#######################   Command line options   ######################
#######################################################################
option 'a_type' => (
	is            => 'rw',
	isa           => 'Str',
	default       => 'BED',
	documentation => 'type of file with annotation regions (ie. BED, SAM).',

lib/CLIPSeqTools/PreprocessApp/annotate_with_genic_elements.pm  view on Meta::CPAN

use MooseX::App::Command;
extends 'CLIPSeqTools::PreprocessApp';


#######################################################################
#######################   Load External modules   #####################
#######################################################################
use Modern::Perl;
use autodie;
use namespace::autoclean;
use Try::Tiny;


#######################################################################
#######################   Command line options   ######################
#######################################################################
option 'drop' => (
	is            => 'rw',
	isa           => 'Bool',
	documentation => 'drop columns if they already exist (not supported in SQlite).',
);