view release on metacpan or search on metacpan
"GenOO::Data::File::FASTQ" : "0",
"GenOO::Data::File::SAM" : "0",
"GenOO::GeneCollection::Factory" : "0",
"GenOO::GenomicRegion" : "0",
"GenOO::RegionCollection::Factory" : "0",
"GenOO::TranscriptCollection::Factory" : "0",
"GenOOx::Data::File::SAMbwa" : "0",
"GenOOx::Data::File::SAMstar" : "0",
"IO::Interactive" : "0",
"List::Util" : "0",
"Modern::Perl" : "0",
"Moose" : "0",
"MooseX::App" : "0",
"MooseX::App::Command" : "0",
"MooseX::App::Role" : "0",
"MooseX::Getopt" : "0",
"PDL" : "2.007",
"Statistics::R" : "0",
"Try::Tiny" : "0",
"autodie" : "0",
"namespace::autoclean" : "0"
GenOO::Data::File::FASTQ: '0'
GenOO::Data::File::SAM: '0'
GenOO::GeneCollection::Factory: '0'
GenOO::GenomicRegion: '0'
GenOO::RegionCollection::Factory: '0'
GenOO::TranscriptCollection::Factory: '0'
GenOOx::Data::File::SAMbwa: '0'
GenOOx::Data::File::SAMstar: '0'
IO::Interactive: '0'
List::Util: '0'
Modern::Perl: '0'
Moose: '0'
MooseX::App: '0'
MooseX::App::Command: '0'
MooseX::App::Role: '0'
MooseX::Getopt: '0'
PDL: '2.007'
Statistics::R: '0'
Try::Tiny: '0'
autodie: '0'
namespace::autoclean: '0'
Makefile.PL view on Meta::CPAN
"GenOO::Data::File::FASTQ" => 0,
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"namespace::autoclean" => 0
Makefile.PL view on Meta::CPAN
"GenOO::Data::File::FASTQ" => 0,
"GenOO::Data::File::SAM" => 0,
"GenOO::GeneCollection::Factory" => 0,
"GenOO::GenomicRegion" => 0,
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"GenOO::TranscriptCollection::Factory" => 0,
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"MooseX::Getopt" => 0,
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"Statistics::R" => 0,
"Try::Tiny" => 0,
"autodie" => 0,
"namespace::autoclean" => 0
bin/clipseqtools view on Meta::CPAN
#!/usr/bin/env perl
package clipseqtools;
$clipseqtools::VERSION = '1.0.0';
##############################################
# Import external libraries
use Modern::Perl;
##############################################
# Import CLIPSeqTools
use CLIPSeqTools::App;
##############################################
# Run the application
CLIPSeqTools::App->new_with_command->run();
bin/clipseqtools-compare view on Meta::CPAN
#!/usr/bin/env perl
package clipseqtools::compare;
$clipseqtools::compare::VERSION = '1.0.0';
##############################################
# Import external libraries
use Modern::Perl;
##############################################
# Import CLIPSeqTools
use CLIPSeqTools::CompareApp;
##############################################
# Run the application
CLIPSeqTools::CompareApp->new_with_command->run();
bin/clipseqtools-plot view on Meta::CPAN
#!/usr/bin/env perl
package clipseqtools::plot;
$clipseqtools::plot::VERSION = '1.0.0';
##############################################
# Import external libraries
use Modern::Perl;
##############################################
# Import CLIPSeqTools
use CLIPSeqTools::PlotApp;
##############################################
# Run the application
CLIPSeqTools::PlotApp->new_with_command->run();
bin/clipseqtools-preprocess view on Meta::CPAN
#!/usr/bin/env perl
package clipseqtools::preprocess;
$clipseqtools::preprocess::VERSION = '1.0.0';
##############################################
# Import external libraries
use Modern::Perl;
##############################################
# Import CLIPSeqTools
use CLIPSeqTools::PreprocessApp;
##############################################
# Run the application
CLIPSeqTools::PreprocessApp->new_with_command->run();
lib/CLIPSeqTools.pm view on Meta::CPAN
Contribute: Please fork the GitHub repository and provide patches, features or tests.
Bugs: Please open issues in the GitHub repository L<https://github.com/palexiou/GenOO-CLIP/issues>
=cut
# Let the code begin...
package CLIPSeqTools;
$CLIPSeqTools::VERSION = '1.0.0';
use Modern::Perl;
1;
lib/CLIPSeqTools/App.pm view on Meta::CPAN
package CLIPSeqTools::App;
$CLIPSeqTools::App::VERSION = '1.0.0';
# Make it an App and load plugins
use MooseX::App qw(Config Color BashCompletion Man);
#######################################################################
####################### Load External modules #####################
#######################################################################
use Modern::Perl;
#######################################################################
########################## Global options #########################
#######################################################################
option 'verbose' => (
is => 'rw',
isa => 'Bool',
cmd_aliases => 'v',
default => 0,
lib/CLIPSeqTools/App/all.pm view on Meta::CPAN
$CLIPSeqTools::App::all::VERSION = '1.0.0';
# Make it an app command
use MooseX::App::Command;
extends 'CLIPSeqTools::App';
#######################################################################
####################### Load External modules #####################
#######################################################################
use Modern::Perl;
use autodie;
use namespace::autoclean;
#######################################################################
####################### Command line options ######################
#######################################################################
option 'rname_sizes' => (
is => 'rw',
isa => 'Str',
lib/CLIPSeqTools/App/cluster_size_and_score_distribution.pm view on Meta::CPAN
$CLIPSeqTools::App::cluster_size_and_score_distribution::VERSION = '1.0.0';
# Make it an app command
use MooseX::App::Command;
extends 'CLIPSeqTools::App';
#######################################################################
####################### Load External modules #####################
#######################################################################
use Modern::Perl;
use autodie;
use namespace::autoclean;
use File::Spec;
#######################################################################
######################## Load GenOO modules #######################
#######################################################################
use GenOO::GenomicRegion;
lib/CLIPSeqTools/App/conservation_distribution.pm view on Meta::CPAN
$CLIPSeqTools::App::conservation_distribution::VERSION = '1.0.0';
# Make it an app command
use MooseX::App::Command;
extends 'CLIPSeqTools::App';
#######################################################################
####################### Load External modules #####################
#######################################################################
use Modern::Perl;
use autodie;
use namespace::autoclean;
use File::Spec;
use Data::Dumper;
#######################################################################
######################## Load GenOO modules #######################
#######################################################################
use GenOO::GenomicRegion;
lib/CLIPSeqTools/App/count_reads_on_genic_elements.pm view on Meta::CPAN
$CLIPSeqTools::App::count_reads_on_genic_elements::VERSION = '1.0.0';
# Make it an app command
use MooseX::App::Command;
extends 'CLIPSeqTools::App';
#######################################################################
####################### Load External modules #####################
#######################################################################
use Modern::Perl;
use autodie;
use namespace::autoclean;
#######################################################################
########################## Consume Roles ##########################
#######################################################################
with
"CLIPSeqTools::Role::Option::Library" => {
-alias => { validate_args => '_validate_args_for_library' },
lib/CLIPSeqTools/App/distribution_on_genic_elements.pm view on Meta::CPAN
$CLIPSeqTools::App::distribution_on_genic_elements::VERSION = '1.0.0';
# Make it an app command
use MooseX::App::Command;
extends 'CLIPSeqTools::App';
#######################################################################
####################### Load External modules #####################
#######################################################################
use Modern::Perl;
use autodie;
use namespace::autoclean;
#######################################################################
####################### Command line options ######################
#######################################################################
option 'bins' => (
is => 'rw',
isa => 'Int',
lib/CLIPSeqTools/App/distribution_on_introns_exons.pm view on Meta::CPAN
$CLIPSeqTools::App::distribution_on_introns_exons::VERSION = '1.0.0';
# Make it an app command
use MooseX::App::Command;
extends 'CLIPSeqTools::App';
#######################################################################
####################### Load External modules #####################
#######################################################################
use Modern::Perl;
use autodie;
use namespace::autoclean;
#######################################################################
####################### Command line options ######################
#######################################################################
option 'bins' => (
is => 'rw',
isa => 'Int',
lib/CLIPSeqTools/App/export_bed.pm view on Meta::CPAN
$CLIPSeqTools::App::export_bed::VERSION = '1.0.0';
# Make it an app command
use MooseX::App::Command;
extends 'CLIPSeqTools::App';
#######################################################################
####################### Load External modules #####################
#######################################################################
use Modern::Perl;
use autodie;
use namespace::autoclean;
#######################################################################
########################## Consume Roles ##########################
#######################################################################
with
"CLIPSeqTools::Role::Option::Library" => {
-alias => { validate_args => '_validate_args_for_library' },
lib/CLIPSeqTools/App/genome_coverage.pm view on Meta::CPAN
$CLIPSeqTools::App::genome_coverage::VERSION = '1.0.0';
# Make it an app command
use MooseX::App::Command;
extends 'CLIPSeqTools::App';
#######################################################################
####################### Load External modules #####################
#######################################################################
use Modern::Perl;
use autodie;
use namespace::autoclean;
use PDL::Lite;
#######################################################################
####################### Command line options ######################
#######################################################################
option 'rname_sizes' => (
is => 'rw',
lib/CLIPSeqTools/App/genomic_distribution.pm view on Meta::CPAN
$CLIPSeqTools::App::genomic_distribution::VERSION = '1.0.0';
# Make it an app command
use MooseX::App::Command;
extends 'CLIPSeqTools::App';
#######################################################################
####################### Load External modules #####################
#######################################################################
use Modern::Perl;
use autodie;
use namespace::autoclean;
#######################################################################
########################## Consume Roles ##########################
#######################################################################
with
"CLIPSeqTools::Role::Option::Library" => {
-alias => { validate_args => '_validate_args_for_library' },
lib/CLIPSeqTools/App/nmer_enrichment_over_shuffled.pm view on Meta::CPAN
$CLIPSeqTools::App::nmer_enrichment_over_shuffled::VERSION = '1.0.0';
# Make it an app command
use MooseX::App::Command;
extends 'CLIPSeqTools::App';
#######################################################################
####################### Load External modules #####################
#######################################################################
use Modern::Perl;
use autodie;
use namespace::autoclean;
use List::Util qw(sum max);
use List::Util qw(shuffle);
#######################################################################
####################### Command line options ######################
#######################################################################
option 'nmer_length' => (
lib/CLIPSeqTools/App/nucleotide_composition.pm view on Meta::CPAN
$CLIPSeqTools::App::nucleotide_composition::VERSION = '1.0.0';
# Make it an app command
use MooseX::App::Command;
extends 'CLIPSeqTools::App';
#######################################################################
####################### Load External modules #####################
#######################################################################
use Modern::Perl;
use autodie;
use namespace::autoclean;
use List::Util qw(sum);
#######################################################################
########################## Consume Roles ##########################
#######################################################################
with
"CLIPSeqTools::Role::Option::Library" => {
lib/CLIPSeqTools/App/reads_long_gaps_size_distribution.pm view on Meta::CPAN
$CLIPSeqTools::App::reads_long_gaps_size_distribution::VERSION = '1.0.0';
# Make it an app command
use MooseX::App::Command;
extends 'CLIPSeqTools::App';
#######################################################################
####################### Load External modules #####################
#######################################################################
use Modern::Perl;
use autodie;
use namespace::autoclean;
#######################################################################
########################## Consume Roles ##########################
#######################################################################
with
"CLIPSeqTools::Role::Option::Library" => {
-alias => { validate_args => '_validate_args_for_library' },
lib/CLIPSeqTools/App/size_distribution.pm view on Meta::CPAN
$CLIPSeqTools::App::size_distribution::VERSION = '1.0.0';
# Make it an app command
use MooseX::App::Command;
extends 'CLIPSeqTools::App';
#######################################################################
####################### Load External modules #####################
#######################################################################
use Modern::Perl;
use autodie;
use namespace::autoclean;
use List::Util qw(min max);
#######################################################################
########################## Consume Roles ##########################
#######################################################################
with
"CLIPSeqTools::Role::Option::Library" => {
lib/CLIPSeqTools/CompareApp/all.pm view on Meta::CPAN
$CLIPSeqTools::CompareApp::all::VERSION = '1.0.0';
# Make it an app command
use MooseX::App::Command;
extends 'CLIPSeqTools::CompareApp';
#######################################################################
####################### Load External modules #####################
#######################################################################
use Modern::Perl;
use autodie;
use namespace::autoclean;
#######################################################################
####################### Command line options ######################
#######################################################################
option 'rname_sizes' => (
is => 'rw',
isa => 'Str',
lib/CLIPSeqTools/CompareApp/compare_counts.pm view on Meta::CPAN
$CLIPSeqTools::CompareApp::compare_counts::VERSION = '1.0.0';
# Make it an app command
use MooseX::App::Command;
extends 'CLIPSeqTools::CompareApp';
#######################################################################
####################### Load External modules #####################
#######################################################################
use Modern::Perl;
use autodie;
use namespace::autoclean;
use File::Spec;
use File::Path qw(make_path);
use Data::Table;
use List::Util qw(min);
#######################################################################
####################### Command line options ######################
lib/CLIPSeqTools/CompareApp/join_tables.pm view on Meta::CPAN
$CLIPSeqTools::CompareApp::join_tables::VERSION = '1.0.0';
# Make it an app command
use MooseX::App::Command;
extends 'CLIPSeqTools::CompareApp';
#######################################################################
####################### Load External modules #####################
#######################################################################
use Modern::Perl;
use autodie;
use namespace::autoclean;
#######################################################################
####################### Command line options ######################
#######################################################################
option 'table' => (
is => 'rw',
isa => 'ArrayRef',
lib/CLIPSeqTools/CompareApp/libraries_overlap_stats.pm view on Meta::CPAN
$CLIPSeqTools::CompareApp::libraries_overlap_stats::VERSION = '1.0.0';
# Make it an app command
use MooseX::App::Command;
extends 'CLIPSeqTools::CompareApp';
#######################################################################
####################### Load External modules #####################
#######################################################################
use Modern::Perl;
use autodie;
use namespace::autoclean;
use PDL::Lite; $PDL::BIGPDL = 0; $PDL::BIGPDL++; # enable huge pdls
#######################################################################
####################### Command line options ######################
#######################################################################
option 'rname_sizes' => (
is => 'rw',
lib/CLIPSeqTools/CompareApp/libraries_relative_read_density.pm view on Meta::CPAN
$CLIPSeqTools::CompareApp::libraries_relative_read_density::VERSION = '1.0.0';
# Make it an app command
use MooseX::App::Command;
extends 'CLIPSeqTools::CompareApp';
#######################################################################
####################### Load External modules #####################
#######################################################################
use Modern::Perl;
use autodie;
use namespace::autoclean;
use PDL::Lite; $PDL::BIGPDL = 0; $PDL::BIGPDL++; # enable huge pdls
#######################################################################
####################### Command line options ######################
#######################################################################
option 'rname_sizes' => (
is => 'rw',
lib/CLIPSeqTools/PlotApp.pm view on Meta::CPAN
$CLIPSeqTools::PlotApp::VERSION = '1.0.0';
# Make it an App and load plugins
use Moose;
extends 'CLIPSeqTools::App';
#######################################################################
####################### Load External modules #####################
#######################################################################
use Modern::Perl;
1;
lib/CLIPSeqTools/PlotApp/cluster_size_and_score_distribution.pm view on Meta::CPAN
$CLIPSeqTools::PlotApp::cluster_size_and_score_distribution::VERSION = '1.0.0';
# Make it an app command
use MooseX::App::Command;
extends 'CLIPSeqTools::PlotApp';
#######################################################################
####################### Load External modules #####################
#######################################################################
use Modern::Perl;
use autodie;
use namespace::autoclean;
use Statistics::R;
#######################################################################
####################### Command line options ######################
#######################################################################
option 'cluster_sizes_file' => (
is => 'rw',
lib/CLIPSeqTools/PlotApp/conservation_distribution.pm view on Meta::CPAN
$CLIPSeqTools::PlotApp::conservation_distribution::VERSION = '1.0.0';
# Make it an app command
use MooseX::App::Command;
extends 'CLIPSeqTools::PlotApp';
#######################################################################
####################### Load External modules #####################
#######################################################################
use Modern::Perl;
use autodie;
use namespace::autoclean;
use Statistics::R;
#######################################################################
####################### Command line options ######################
#######################################################################
option 'file' => (
is => 'rw',