CLIPSeqTools

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META.json  view on Meta::CPAN

            "GenOO::Data::File::FASTQ" : "0",
            "GenOO::Data::File::SAM" : "0",
            "GenOO::GeneCollection::Factory" : "0",
            "GenOO::GenomicRegion" : "0",
            "GenOO::RegionCollection::Factory" : "0",
            "GenOO::TranscriptCollection::Factory" : "0",
            "GenOOx::Data::File::SAMbwa" : "0",
            "GenOOx::Data::File::SAMstar" : "0",
            "IO::Interactive" : "0",
            "List::Util" : "0",
            "Modern::Perl" : "0",
            "Moose" : "0",
            "MooseX::App" : "0",
            "MooseX::App::Command" : "0",
            "MooseX::App::Role" : "0",
            "MooseX::Getopt" : "0",
            "PDL" : "2.007",
            "Statistics::R" : "0",
            "Try::Tiny" : "0",
            "autodie" : "0",
            "namespace::autoclean" : "0"

META.yml  view on Meta::CPAN

  GenOO::Data::File::FASTQ: '0'
  GenOO::Data::File::SAM: '0'
  GenOO::GeneCollection::Factory: '0'
  GenOO::GenomicRegion: '0'
  GenOO::RegionCollection::Factory: '0'
  GenOO::TranscriptCollection::Factory: '0'
  GenOOx::Data::File::SAMbwa: '0'
  GenOOx::Data::File::SAMstar: '0'
  IO::Interactive: '0'
  List::Util: '0'
  Modern::Perl: '0'
  Moose: '0'
  MooseX::App: '0'
  MooseX::App::Command: '0'
  MooseX::App::Role: '0'
  MooseX::Getopt: '0'
  PDL: '2.007'
  Statistics::R: '0'
  Try::Tiny: '0'
  autodie: '0'
  namespace::autoclean: '0'

Makefile.PL  view on Meta::CPAN

    "GenOO::Data::File::FASTQ" => 0,
    "GenOO::Data::File::SAM" => 0,
    "GenOO::GeneCollection::Factory" => 0,
    "GenOO::GenomicRegion" => 0,
    "GenOO::RegionCollection::Factory" => 0,
    "GenOO::TranscriptCollection::Factory" => 0,
    "GenOOx::Data::File::SAMbwa" => 0,
    "GenOOx::Data::File::SAMstar" => 0,
    "IO::Interactive" => 0,
    "List::Util" => 0,
    "Modern::Perl" => 0,
    "Moose" => 0,
    "MooseX::App" => 0,
    "MooseX::App::Command" => 0,
    "MooseX::App::Role" => 0,
    "MooseX::Getopt" => 0,
    "PDL" => "2.007",
    "Statistics::R" => 0,
    "Try::Tiny" => 0,
    "autodie" => 0,
    "namespace::autoclean" => 0

Makefile.PL  view on Meta::CPAN

  "GenOO::Data::File::FASTQ" => 0,
  "GenOO::Data::File::SAM" => 0,
  "GenOO::GeneCollection::Factory" => 0,
  "GenOO::GenomicRegion" => 0,
  "GenOO::RegionCollection::Factory" => 0,
  "GenOO::TranscriptCollection::Factory" => 0,
  "GenOOx::Data::File::SAMbwa" => 0,
  "GenOOx::Data::File::SAMstar" => 0,
  "IO::Interactive" => 0,
  "List::Util" => 0,
  "Modern::Perl" => 0,
  "Moose" => 0,
  "MooseX::App" => 0,
  "MooseX::App::Command" => 0,
  "MooseX::App::Role" => 0,
  "MooseX::Getopt" => 0,
  "PDL" => "2.007",
  "Statistics::R" => 0,
  "Try::Tiny" => 0,
  "autodie" => 0,
  "namespace::autoclean" => 0

bin/clipseqtools  view on Meta::CPAN

#!/usr/bin/env perl


package clipseqtools;
$clipseqtools::VERSION = '1.0.0';

##############################################
# Import external libraries
use Modern::Perl;


##############################################
# Import CLIPSeqTools
use CLIPSeqTools::App;


##############################################
# Run the application
CLIPSeqTools::App->new_with_command->run();

bin/clipseqtools-compare  view on Meta::CPAN

#!/usr/bin/env perl


package clipseqtools::compare;
$clipseqtools::compare::VERSION = '1.0.0';

##############################################
# Import external libraries
use Modern::Perl;


##############################################
# Import CLIPSeqTools
use CLIPSeqTools::CompareApp;


##############################################
# Run the application
CLIPSeqTools::CompareApp->new_with_command->run();

bin/clipseqtools-plot  view on Meta::CPAN

#!/usr/bin/env perl


package clipseqtools::plot;
$clipseqtools::plot::VERSION = '1.0.0';

##############################################
# Import external libraries
use Modern::Perl;


##############################################
# Import CLIPSeqTools
use CLIPSeqTools::PlotApp;


##############################################
# Run the application
CLIPSeqTools::PlotApp->new_with_command->run();

bin/clipseqtools-preprocess  view on Meta::CPAN

#!/usr/bin/env perl


package clipseqtools::preprocess;
$clipseqtools::preprocess::VERSION = '1.0.0';

##############################################
# Import external libraries
use Modern::Perl;


##############################################
# Import CLIPSeqTools
use CLIPSeqTools::PreprocessApp;


##############################################
# Run the application
CLIPSeqTools::PreprocessApp->new_with_command->run();

lib/CLIPSeqTools.pm  view on Meta::CPAN

Contribute:  Please fork the GitHub repository and provide patches, features or tests.
Bugs:        Please open issues in the GitHub repository L<https://github.com/palexiou/GenOO-CLIP/issues>

=cut

# Let the code begin...


package CLIPSeqTools;
$CLIPSeqTools::VERSION = '1.0.0';
use Modern::Perl;

1;

lib/CLIPSeqTools/App.pm  view on Meta::CPAN

package CLIPSeqTools::App;
$CLIPSeqTools::App::VERSION = '1.0.0';

# Make it an App and load plugins
use MooseX::App qw(Config Color BashCompletion Man);


#######################################################################
#######################   Load External modules   #####################
#######################################################################
use Modern::Perl;


#######################################################################
##########################   Global options   #########################
#######################################################################
option 'verbose' => (
	is            => 'rw',
	isa           => 'Bool',
	cmd_aliases   => 'v',
	default       => 0,

lib/CLIPSeqTools/App/all.pm  view on Meta::CPAN

$CLIPSeqTools::App::all::VERSION = '1.0.0';

# Make it an app command
use MooseX::App::Command;
extends 'CLIPSeqTools::App';


#######################################################################
#######################   Load External modules   #####################
#######################################################################
use Modern::Perl;
use autodie;
use namespace::autoclean;


#######################################################################
#######################   Command line options   ######################
#######################################################################
option 'rname_sizes' => (
	is            => 'rw',
	isa           => 'Str',

lib/CLIPSeqTools/App/cluster_size_and_score_distribution.pm  view on Meta::CPAN

$CLIPSeqTools::App::cluster_size_and_score_distribution::VERSION = '1.0.0';

# Make it an app command
use MooseX::App::Command;
extends 'CLIPSeqTools::App';


#######################################################################
#######################   Load External modules   #####################
#######################################################################
use Modern::Perl;
use autodie;
use namespace::autoclean;
use File::Spec;


#######################################################################
########################   Load GenOO modules   #######################
#######################################################################
use GenOO::GenomicRegion;

lib/CLIPSeqTools/App/conservation_distribution.pm  view on Meta::CPAN

$CLIPSeqTools::App::conservation_distribution::VERSION = '1.0.0';

# Make it an app command
use MooseX::App::Command;
extends 'CLIPSeqTools::App';


#######################################################################
#######################   Load External modules   #####################
#######################################################################
use Modern::Perl;
use autodie;
use namespace::autoclean;
use File::Spec;
use Data::Dumper;


#######################################################################
########################   Load GenOO modules   #######################
#######################################################################
use GenOO::GenomicRegion;

lib/CLIPSeqTools/App/count_reads_on_genic_elements.pm  view on Meta::CPAN

$CLIPSeqTools::App::count_reads_on_genic_elements::VERSION = '1.0.0';

# Make it an app command
use MooseX::App::Command;
extends 'CLIPSeqTools::App';


#######################################################################
#######################   Load External modules   #####################
#######################################################################
use Modern::Perl;
use autodie;
use namespace::autoclean;


#######################################################################
##########################   Consume Roles   ##########################
#######################################################################
with 
	"CLIPSeqTools::Role::Option::Library" => {
		-alias    => { validate_args => '_validate_args_for_library' },

lib/CLIPSeqTools/App/distribution_on_genic_elements.pm  view on Meta::CPAN

$CLIPSeqTools::App::distribution_on_genic_elements::VERSION = '1.0.0';

# Make it an app command
use MooseX::App::Command;
extends 'CLIPSeqTools::App';


#######################################################################
#######################   Load External modules   #####################
#######################################################################
use Modern::Perl;
use autodie;
use namespace::autoclean;


#######################################################################
#######################   Command line options   ######################
#######################################################################
option 'bins' => (
	is            => 'rw',
	isa           => 'Int',

lib/CLIPSeqTools/App/distribution_on_introns_exons.pm  view on Meta::CPAN

$CLIPSeqTools::App::distribution_on_introns_exons::VERSION = '1.0.0';

# Make it an app command
use MooseX::App::Command;
extends 'CLIPSeqTools::App';


#######################################################################
#######################   Load External modules   #####################
#######################################################################
use Modern::Perl;
use autodie;
use namespace::autoclean;


#######################################################################
#######################   Command line options   ######################
#######################################################################
option 'bins' => (
	is            => 'rw',
	isa           => 'Int',

lib/CLIPSeqTools/App/export_bed.pm  view on Meta::CPAN

$CLIPSeqTools::App::export_bed::VERSION = '1.0.0';

# Make it an app command
use MooseX::App::Command;
extends 'CLIPSeqTools::App';


#######################################################################
#######################   Load External modules   #####################
#######################################################################
use Modern::Perl;
use autodie;
use namespace::autoclean;


#######################################################################
##########################   Consume Roles   ##########################
#######################################################################
with
	"CLIPSeqTools::Role::Option::Library" => {
		-alias    => { validate_args => '_validate_args_for_library' },

lib/CLIPSeqTools/App/genome_coverage.pm  view on Meta::CPAN

$CLIPSeqTools::App::genome_coverage::VERSION = '1.0.0';

# Make it an app command
use MooseX::App::Command;
extends 'CLIPSeqTools::App';


#######################################################################
#######################   Load External modules   #####################
#######################################################################
use Modern::Perl;
use autodie;
use namespace::autoclean;
use PDL::Lite;


#######################################################################
#######################   Command line options   ######################
#######################################################################
option 'rname_sizes' => (
	is            => 'rw',

lib/CLIPSeqTools/App/genomic_distribution.pm  view on Meta::CPAN

$CLIPSeqTools::App::genomic_distribution::VERSION = '1.0.0';

# Make it an app command
use MooseX::App::Command;
extends 'CLIPSeqTools::App';


#######################################################################
#######################   Load External modules   #####################
#######################################################################
use Modern::Perl;
use autodie;
use namespace::autoclean;


#######################################################################
##########################   Consume Roles   ##########################
#######################################################################
with 
	"CLIPSeqTools::Role::Option::Library" => {
		-alias    => { validate_args => '_validate_args_for_library' },

lib/CLIPSeqTools/App/nmer_enrichment_over_shuffled.pm  view on Meta::CPAN

$CLIPSeqTools::App::nmer_enrichment_over_shuffled::VERSION = '1.0.0';

# Make it an app command
use MooseX::App::Command;
extends 'CLIPSeqTools::App';


#######################################################################
#######################   Load External modules   #####################
#######################################################################
use Modern::Perl;
use autodie;
use namespace::autoclean;
use List::Util qw(sum max);
use List::Util qw(shuffle);


#######################################################################
#######################   Command line options   ######################
#######################################################################
option 'nmer_length' => (

lib/CLIPSeqTools/App/nucleotide_composition.pm  view on Meta::CPAN

$CLIPSeqTools::App::nucleotide_composition::VERSION = '1.0.0';

# Make it an app command
use MooseX::App::Command;
extends 'CLIPSeqTools::App';


#######################################################################
#######################   Load External modules   #####################
#######################################################################
use Modern::Perl;
use autodie;
use namespace::autoclean;
use List::Util qw(sum);


#######################################################################
##########################   Consume Roles   ##########################
#######################################################################
with
	"CLIPSeqTools::Role::Option::Library" => {

lib/CLIPSeqTools/App/reads_long_gaps_size_distribution.pm  view on Meta::CPAN

$CLIPSeqTools::App::reads_long_gaps_size_distribution::VERSION = '1.0.0';

# Make it an app command
use MooseX::App::Command;
extends 'CLIPSeqTools::App';


#######################################################################
#######################   Load External modules   #####################
#######################################################################
use Modern::Perl;
use autodie;
use namespace::autoclean;


#######################################################################
##########################   Consume Roles   ##########################
#######################################################################
with
	"CLIPSeqTools::Role::Option::Library" => {
		-alias    => { validate_args => '_validate_args_for_library' },

lib/CLIPSeqTools/App/size_distribution.pm  view on Meta::CPAN

$CLIPSeqTools::App::size_distribution::VERSION = '1.0.0';

# Make it an app command
use MooseX::App::Command;
extends 'CLIPSeqTools::App';


#######################################################################
#######################   Load External modules   #####################
#######################################################################
use Modern::Perl;
use autodie;
use namespace::autoclean;
use List::Util qw(min max);


#######################################################################
##########################   Consume Roles   ##########################
#######################################################################
with 
	"CLIPSeqTools::Role::Option::Library" => {

lib/CLIPSeqTools/CompareApp/all.pm  view on Meta::CPAN

$CLIPSeqTools::CompareApp::all::VERSION = '1.0.0';

# Make it an app command
use MooseX::App::Command;
extends 'CLIPSeqTools::CompareApp';


#######################################################################
#######################   Load External modules   #####################
#######################################################################
use Modern::Perl;
use autodie;
use namespace::autoclean;


#######################################################################
#######################   Command line options   ######################
#######################################################################
option 'rname_sizes' => (
	is            => 'rw',
	isa           => 'Str',

lib/CLIPSeqTools/CompareApp/compare_counts.pm  view on Meta::CPAN

$CLIPSeqTools::CompareApp::compare_counts::VERSION = '1.0.0';

# Make it an app command
use MooseX::App::Command;
extends 'CLIPSeqTools::CompareApp';


#######################################################################
#######################   Load External modules   #####################
#######################################################################
use Modern::Perl;
use autodie;
use namespace::autoclean;
use File::Spec;
use File::Path qw(make_path);
use Data::Table;
use List::Util qw(min);


#######################################################################
#######################   Command line options   ######################

lib/CLIPSeqTools/CompareApp/join_tables.pm  view on Meta::CPAN

$CLIPSeqTools::CompareApp::join_tables::VERSION = '1.0.0';

# Make it an app command
use MooseX::App::Command;
extends 'CLIPSeqTools::CompareApp';


#######################################################################
#######################   Load External modules   #####################
#######################################################################
use Modern::Perl;
use autodie;
use namespace::autoclean;


#######################################################################
#######################   Command line options   ######################
#######################################################################
option 'table' => (
	is            => 'rw',
	isa           => 'ArrayRef',

lib/CLIPSeqTools/CompareApp/libraries_overlap_stats.pm  view on Meta::CPAN

$CLIPSeqTools::CompareApp::libraries_overlap_stats::VERSION = '1.0.0';

# Make it an app command
use MooseX::App::Command;
extends 'CLIPSeqTools::CompareApp';


#######################################################################
#######################   Load External modules   #####################
#######################################################################
use Modern::Perl;
use autodie;
use namespace::autoclean;
use PDL::Lite; $PDL::BIGPDL = 0; $PDL::BIGPDL++; # enable huge pdls


#######################################################################
#######################   Command line options   ######################
#######################################################################
option 'rname_sizes' => (
	is            => 'rw',

lib/CLIPSeqTools/CompareApp/libraries_relative_read_density.pm  view on Meta::CPAN

$CLIPSeqTools::CompareApp::libraries_relative_read_density::VERSION = '1.0.0';

# Make it an app command
use MooseX::App::Command;
extends 'CLIPSeqTools::CompareApp';


#######################################################################
#######################   Load External modules   #####################
#######################################################################
use Modern::Perl;
use autodie;
use namespace::autoclean;
use PDL::Lite; $PDL::BIGPDL = 0; $PDL::BIGPDL++; # enable huge pdls


#######################################################################
#######################   Command line options   ######################
#######################################################################
option 'rname_sizes' => (
	is            => 'rw',

lib/CLIPSeqTools/PlotApp.pm  view on Meta::CPAN

$CLIPSeqTools::PlotApp::VERSION = '1.0.0';

# Make it an App and load plugins
use Moose;
extends 'CLIPSeqTools::App';


#######################################################################
#######################   Load External modules   #####################
#######################################################################
use Modern::Perl;


1;

lib/CLIPSeqTools/PlotApp/cluster_size_and_score_distribution.pm  view on Meta::CPAN

$CLIPSeqTools::PlotApp::cluster_size_and_score_distribution::VERSION = '1.0.0';

# Make it an app command
use MooseX::App::Command;
extends 'CLIPSeqTools::PlotApp';


#######################################################################
#######################   Load External modules   #####################
#######################################################################
use Modern::Perl;
use autodie;
use namespace::autoclean;
use Statistics::R;


#######################################################################
#######################   Command line options   ######################
#######################################################################
option 'cluster_sizes_file' => (
	is            => 'rw',

lib/CLIPSeqTools/PlotApp/conservation_distribution.pm  view on Meta::CPAN

$CLIPSeqTools::PlotApp::conservation_distribution::VERSION = '1.0.0';

# Make it an app command
use MooseX::App::Command;
extends 'CLIPSeqTools::PlotApp';


#######################################################################
#######################   Load External modules   #####################
#######################################################################
use Modern::Perl;
use autodie;
use namespace::autoclean;
use Statistics::R;


#######################################################################
#######################   Command line options   ######################
#######################################################################
option 'file' => (
	is            => 'rw',



( run in 0.871 second using v1.01-cache-2.11-cpan-4d50c553e7e )