ABI
view release on metacpan or search on metacpan
# Before `make install' is performed this script should be runnable with
# `make test'. After `make install' it should work as `perl test.pl'
#########################
# change 'tests => 1' to 'tests => last_test_to_print'
#use FindBin;
#use lib "$FindBin::Bin/..";
use Test::More qw(no_plan);
#BEGIN { plan tests => 1 };
require_ok("ABI");
my $abi = ABI->new("t/TEST_modified.ab1");
isa_ok( $abi, "ABI" );
my @base_calls = $abi->get_base_calls;
#print STDERR "@base_calls";
my @b_calls =
qw(20 33 46 56 67 82 89 102 111 124 136 151 163 174 185 192 204 215
225 233 246 258 274 285 297 308 324 340 349 356 369 383 393 403 413
422 434 447 458 467 477 487 499 513 523 529 544 552 562 570 581 593
603 615 624 634 644 657 668 680 690 702 714 726 736 746 756 766 776
784 796 808 820 830 842 854 863 874 884 897 906 918 930 940 949 960
972 983 996 1005 1017 1027 1039 1049 1063 1074 1086 1097 1109 1117 1131
1143 1153 1163 1174 1186 1196 1208 1218 1232 1243 1255 1266 1278 1288
1298 1310 1323 1333 1345 1357 1368 1380 1392 1402 1413 1425 1436 1448
1459 1469 1481 1493 1504 1513 1524 1537 1547 1559 1570 1583 1595 1606
1616 1629 1638 1650 1664 1673 1684 1694 1704 1716 1727 1737 1749 1761
1774 1786 1796 1810 1820 1834 1844 1855 1865 1874 1887 1900 1913 1926
1937 1946 1958 1970 1983 1994 2007 2019 2029 2040 2055 2066 2075 2088
2102 2112 2121 2134 2146 2159 2169 2180 2192 2206 2218 2230 2239 2254
2264 2276 2286 2302 2314 2323 2338 2350 2360 2371 2382 2395 2408 2418
2432 2442 2454 2467 2479 2489 2502 2516 2528 2540 2551 2565 2574 2587
2598 2610 2621 2634 2644 2656 2667 2682 2693 2705 2716 2727 2740 2753
2766 2778 2790 2803 2816 2827 2838 2852 2865 2876 2887 2898 2912 2924
2934 2945 2957 2969 2982 2992 3005 3016 3028 3040 3053 3065 3075 3091
3103 3115 3128 3138 3151 3164 3176 3189 3201 3214 3226 3237 3251 3262
3276 3285 3299 3313 3322 3337 3350 3360 3373 3385 3398 3410 3423 3435
3445 3460 3472 3484 3496 3509 3520 3531 3544 3557 3569 3581 3593 3604
3615 3628 3640 3653 3664 3674 3687 3700 3714 3725 3739 3751 3763 3773
3787 3797 3810 3821 3834 3847 3859 3871 3883 3897 3909 3921 3935 3946
3959 3970 3982 3994 4007 4019 4031 4044 4057 4069 4078 4091 4101 4116
4127 4142 4154 4166 4176 4190 4202 4215 4227 4240 4252 4265 4277 4288
4301 4313 4326 4337 4351 4362 4373 4385 4397 4410 4422 4436 4448 4459
4471 4484 4497 4508 4523 4535 4545 4558 4569 4582 4596 4608 4621 4633
4645 4656 4670 4681 4695 4708 4719 4733 4744 4755 4768 4781 4794 4806
4819 4830 4842 4856 4867 4880 4891 4902 4915 4928 4941 4954 4966 4979
4991 5002 5016 5027 5039 5052 5065 5077 5089 5103 5115 5128 5139 5153
5166 5177 5190 5203 5214 5225 5238 5251 5262 5274 5285 5298 5310 5323
5336 5348 5360 5372 5386 5399 5412 5423 5437 5450 5462 5473 5488 5499
5510 5523 5535 5547 5558 5570 5584 5596 5609 5622 5635 5646 5658 5670
5681 5692 5706 5718 5732 5744 5756 5770 5782 5797 5810 5822 5835 5847
5860 5872 5884 5897 5908 5921 5934 5948 5959 5971 5983 5996 6008 6020
6033 6046 6059 6072 6085 6096 6110 6123 6134 6149 6161 6172 6187 6200
6210 6224 6235 6248 6259 6272 6285 6299 6312 6324 6339 6352 6364 6375
6389 6402 6414 6426 6439 6451 6463 6477 6489 6502 6513 6528 6541 6554
6568 6580 6593 6603 6617 6632 6644 6658 6671 6682 6695 6709 6721 6734
6747 6758 6770 6783 6795 6807 6820 6833 6845 6858 6871 6884 6895 6908
6920 6934 6947 6960 6972 6985 6996 7011 7024 7038 7051 7063 7077 7088
7100 7115 7127 7140 7151 7162 7176 7191 7203 7220 7230 7241 7254 7267
7279 7294 7307 7322 7335 7347 7361 7371 7383 7395 7410 7423 7434 7450
7461 7473 7487 7499 7510 7520 7533 7548 7559 7570 7583 7597 7610 7622
7637 7653 7663 7673 7684 7699 7711 7723 7735 7747 7761 7774 7789 7801
7813 7828 7838 7851 7864 7876 7888 7901 7917 7930 7941 7954 7967 7980
7995 8008 8020 8032 8043 8054 8065 8074 8086 8099 8112 8126 8140 8153
8164 8177 8188 8202 8211 8221 8230 8239 8249 8262 8274 8287 8301 8315
8326 8342 8354 8366 8378 8391 8406 8419 8431 8443 8456 8471 8481 8490
8499 8508 8519 8530 8541 8552 8566 8579 8592 8604 8616 8629 8642 8655
8668 8680 8693 8708 8723 8734 8745 8756 8769 8780 8792 8804 8814 8829
8842 8851);
is_deeply( \@b_calls, \@base_calls );
2934 2945 2957 2969 2982 2992 3005 3016 3028 3040 3053 3065 3075 3091
3103 3115 3128 3138 3151 3164 3176 3189 3201 3214 3226 3237 3251 3262
3276 3285 3299 3313 3322 3337 3350 3360 3373 3385 3398 3410 3423 3435
3445 3460 3472 3484 3496 3509 3520 3531 3544 3557 3569 3581 3593 3604
3615 3628 3640 3653 3664 3674 3687 3700 3714 3725 3739 3751 3763 3773
3787 3797 3810 3821 3834 3847 3859 3871 3883 3897 3909 3921 3935 3946
3959 3970 3982 3994 4007 4019 4031 4044 4057 4069 4078 4091 4101 4116
4127 4142 4154 4166 4176 4190 4202 4215 4227 4240 4252 4265 4277 4288
4301 4313 4326 4337 4351 4362 4373 4385 4397 4410 4422 4436 4448 4459
4471 4484 4497 4508 4523 4535 4545 4558 4569 4582 4596 4608 4621 4633
4645 4656 4670 4681 4695 4708 4719 4733 4744 4755 4768 4781 4794 4806
4819 4830 4842 4856 4867 4880 4891 4902 4915 4928 4941 4954 4966 4979
4991 5002 5016 5027 5039 5052 5065 5077 5089 5103 5115 5128 5139 5153
5166 5177 5190 5203 5214 5225 5238 5251 5262 5274 5285 5298 5310 5323
5336 5348 5360 5372 5386 5399 5412 5423 5437 5450 5462 5473 5488 5499
5510 5523 5535 5547 5558 5570 5584 5596 5609 5622 5635 5646 5658 5670
5681 5692 5706 5718 5732 5744 5756 5770 5782 5797 5810 5822 5835 5847
5860 5872 5884 5897 5908 5921 5934 5948 5959 5971 5983 5996 6008 6020
6033 6046 6059 6072 6085 6096 6110 6123 6134 6149 6161 6172 6187 6200
6210 6224 6235 6248 6259 6272 6285 6299 6312 6324 6339 6352 6364 6375
6389 6402 6414 6426 6439 6451 6463 6477 6489 6502 6513 6528 6541 6554
6568 6580 6593 6603 6617 6632 6644 6658 6671 6682 6695 6709 6721 6734
6747 6758 6770 6783 6795 6807 6820 6833 6845 6858 6871 6884 6895 6908
6920 6934 6947 6960 6972 6985 6996 7011 7024 7038 7051 7063 7077 7088
7100 7115 7127 7140 7151 7162 7176 7191 7203 7220 7230 7241 7254 7267
7279 7294 7307 7322 7335 7347 7361 7371 7383 7395 7410 7423 7434 7450
7461 7473 7487 7499 7510 7520 7533 7548 7559 7570 7583 7597 7610 7622
7637 7653 7663 7673 7684 7699 7711 7723 7735 7747 7761 7774 7789 7801
7813 7828 7838 7851 7864 7876 7888 7901 7917 7930 7941 7954 7967 7980
7995 8008 8020 8032 8043 8054 8065 8074 8086 8099 8112 8126 8140 8153
8164 8177 8188 8202 8211 8221 8230 8239 8249 8262 8274 8287 8301 8315
8326 8342 8354 8366 8378 8391 8406 8419 8431 8443 8456 8471 8481 8490
8499 8508 8519 8530 8541 8552 8566 8579 8592 8604 8616 8629 8642 8655
8668 8680 8693 8708 8723 8734 8745 8756 8769 8780 8792 8804 8814 8829
8842 8851);
is_deeply (\@b_calls,\@base_calls);
$seq = "cgcNtGACGCNCCTTACGCAAATCTCGNCACGAACCTTCCCCTGAAGAAATTGCCAATCTGC
TCGAAAAACCCGTCGCAGAGGTCAAGCGCATGCTTGGACTGAATGAGCGGGTGTCCTCGGTG
GATGTTTCTTTAGGCCCTGATTCCGATAAAACCCTGCTCGATACCCTGACAGATGATCGACCT
ACAGATCCTTGCTAGCTGCTTCAGGACGATGACCTGTCGCAAAGTATCGATCAGTGGTTGTCT
GAACTTACAGACAAGCAGCGTGAGGTGGTGATTCGCCGCTTCGGGTTGCGTGGTCATGAAAGC
AGTACCCTCGAAGATGTTGGTCTGGAGATTGGTCTGACACGCGAACGTGTTCGGCAGATTCAA
GTCGAGGGGCTCAAGCGTTTGCGCGAGATCCTTGAGCGCAACGGTTTGTCCAGTGAGTCGCTG
TTTCAGTAACAGGCATCCTGCTCGCTAAAAAGCCCCGAAATATTCGGGGCTTTTTTGTGCCCG
CAGAATCTGGACCGCTGCTGCCAAGGGGTTTTTTTGAGTGCGTGCGGGTGACCGGTCAGTCTC
AAAAGTGCAGTCAGGCAGGGGTTGGAACTTTATCTGTCATGGGCTGTAAGCCTTTGCTTACCT
TTNATGTAAGCCAAGGGCGAAAACAGGCTTGCGGATAGNTTCGCTTCTGACTTTTCATAGGTT
GNAACTGATTGAAATTTAAACATTNTNATTGTTNTGNTAAGAN";
$seq =~ s/\n//g;
$seq =~ s/\s//g;
is ($seq,$abi->get_corrected_sequence);
#print STDERR "\n", $abi->{_index},"\n";
#print STDERR "\n", $abi->{_seq_length_corrected},"\n";
#print "@array", "\n";
#ok(1); # If we made it this far, we're ok.
#########################
# Insert your test code below, the Test module is use()ed here so read
# its man page ( perldoc Test ) for help writing this test script.
( run in 1.170 second using v1.01-cache-2.11-cpan-39bf76dae61 )