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lib/Bio/GMOD/Blast/Graph/MyUtils.pm  view on Meta::CPAN

package Bio::GMOD::Blast::Graph::MyUtils;
BEGIN {
  $Bio::GMOD::Blast::Graph::MyUtils::AUTHORITY = 'cpan:RBUELS';
}
BEGIN {
  $Bio::GMOD::Blast::Graph::MyUtils::VERSION = '0.06';
}
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#
# Cared for by Shuai Weng <shuai@genome.stanford.edu>
#
# Originally created by John Slenk <jces@genome.stanford.edu>
#
# You may distribute this module under the same terms as perl itself
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use Bio::GMOD::Blast::Graph::MyDebug qw( dmsg assert );

my( %usedHash );

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sub makeVariableName {
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    my( @names ) = @_;

    my( $name );
    my( $varName ) = "";

    my( $pkg, $file, $line ) = caller();
    unshift( @names, $pkg );

    $varName .= "__";
    foreach $name ( @names )
    {
    $name =~ tr/a-z/A-Z/;
    $varName .= "_$name";
    }
    $varName .= "_VARIABLE__";

    assert( ! defined($usedHash{ $varName }), "duplicate variable name $varName" );
    $usedHash{ $varName } = 1;

    return( $varName );
}

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sub makeDumpString {
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    my( @args ) = @_;
    my( $str );

    $str = '[';
    $str .= join( "][", @args );
    $str .= ']';

    return( $str );
}

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sub parseNumber {
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    my( $data ) = shift;

    if( $data =~ m/\s*([\d\.]+)\s*/ )
    {
    $data = $1; # extract numbers from strings.
    }

    return( $data );
}

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sub getKey {
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    my( @parts ) = @_;

    my( $ret ) = join( ":", @parts );

    return( $ret );
}

# if the compare returns true, set ref = value.
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sub updateBoundRef {
#####################################################################
    my( $ref, $value, $cmpSub ) = @_;

    if( !defined( $$ref ) )
    {