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lib/Bio/MUST/Apps/FortyTwo/Manual.pod  view on Meta::CPAN

# [DONE] 2. Le manuel s'arrête à la génération du fichier yaml mais il serait utile de faire un paragraphe sur le lancement du script forty-two.pl en lui même avec --config, --verbosity etc. On l'obtient en faisant forty-two.pl --help mais un mo...
# 
# [DONE] 3. Dans cette partie du manuel:
# query_orgs should be listed in a file (queries.txt) and spelled exactly as in your MSAs. This file will be processed by yaml‐generator‐42.pl to populate the config file. To easily draft a list of query_orgs, you can for example use the 10 to 20...
# $grep‐h\>*.fasta|cut‐f1‐d'@'|sort|uniq‐c|sort‐rn|head‐n10
# 22498 >Danio_rerio
# 21071 >Homo_sapiens
# 20722 >Mus_musculus
# 18933 >Monodelphis_domestica
# 18616 >Loxodonta_africana
# 17762 >Latimeria_chalumnae
# 17678 >Canis_familiaris
# 17114 >Xenopus_tropicalis
# 16665 >Anolis_carolinensis
# 16611 >Sarcophilus_harrisii
# 
# Dans cette partie, il n'est pas clair si le > doit faire partie du nom de l'organisme ou pas, puisqu'il apparait dans l'exemple ci-dessus. Une personne non-avertie serait tentée de recopier les noms tels quels dans son fichier queries./txt
# 
# Comme c'est sans le '>' vous pourriez préciser, et ensuite par exemple rajouter la commande ci-dessous pour directement créer queries.txt
# grep -h \>*.fasta | cut -f1 -d'@' | sort | uniq -c | sort -rn | head -n 10 | cut -f2 -d'>' > queries.txt
# 

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for example use the 10 to 20 most represented organisms across all your MSAs
(prior to enrichment).

    $ grep -h \> *.fasta | cut -f1 -d'@' | cut -c2- | sort | uniq -c | sort -rn | head -n10

    22498 Danio_rerio
    21071 Homo_sapiens
    20722 Mus_musculus
    18933 Monodelphis_domestica
    18616 Loxodonta_africana
    17762 Latimeria_chalumnae
    17678 Canis_familiaris
    17114 Xenopus_tropicalis
    16665 Anolis_carolinensis
    16611 Sarcophilus_harrisii

B<Note:> Organism names must follow the same rules as above. This means that no
underscore should appear between genus and species. C<42> emits a warning when
suspecting you got it wrong. However, it cannot fix this for you. When working
with native C<ALI> files, this issue does not crop up: