CLIPSeqTools

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META.json  view on Meta::CPAN

            "Modern::Perl" : "0",
            "Moose" : "0",
            "MooseX::App" : "0",
            "MooseX::App::Command" : "0",
            "MooseX::App::Role" : "0",
            "MooseX::Getopt" : "0",
            "PDL" : "2.007",
            "Statistics::R" : "0",
            "Try::Tiny" : "0",
            "autodie" : "0",
            "namespace::autoclean" : "0"
         }
      }
   },
   "release_status" : "stable",
   "resources" : {
      "bugtracker" : {
         "web" : "https://github.com/mnsmar/clipseqtools/issues"
      },
      "homepage" : "https://github.com/mnsmar/clipseqtools",
      "repository" : {

META.yml  view on Meta::CPAN

  Modern::Perl: '0'
  Moose: '0'
  MooseX::App: '0'
  MooseX::App::Command: '0'
  MooseX::App::Role: '0'
  MooseX::Getopt: '0'
  PDL: '2.007'
  Statistics::R: '0'
  Try::Tiny: '0'
  autodie: '0'
  namespace::autoclean: '0'
resources:
  bugtracker: https://github.com/mnsmar/clipseqtools/issues
  homepage: https://github.com/mnsmar/clipseqtools
  repository: https://github.com/mnsmar/clipseqtools.git
version: 1.0.0
x_generated_by_perl: v5.30.1
x_serialization_backend: 'YAML::Tiny version 1.73'
x_spdx_expression: 'Artistic-1.0-Perl OR GPL-1.0-or-later'

Makefile.PL  view on Meta::CPAN

    "Modern::Perl" => 0,
    "Moose" => 0,
    "MooseX::App" => 0,
    "MooseX::App::Command" => 0,
    "MooseX::App::Role" => 0,
    "MooseX::Getopt" => 0,
    "PDL" => "2.007",
    "Statistics::R" => 0,
    "Try::Tiny" => 0,
    "autodie" => 0,
    "namespace::autoclean" => 0
  },
  "VERSION" => "1.0.0",
  "test" => {
    "TESTS" => ""
  }
);


my %FallbackPrereqs = (
  "DBD::SQLite" => 0,

lib/CLIPSeqTools/App/cluster_size_and_score_distribution.pm  view on Meta::CPAN

# Make it an app command
use MooseX::App::Command;
extends 'CLIPSeqTools::App';


#######################################################################
#######################   Load External modules   #####################
#######################################################################
use Modern::Perl;
use autodie;
use namespace::autoclean;
use File::Spec;


#######################################################################
########################   Load GenOO modules   #######################
#######################################################################
use GenOO::GenomicRegion;


#######################################################################

lib/CLIPSeqTools/App/conservation_distribution.pm  view on Meta::CPAN

# Make it an app command
use MooseX::App::Command;
extends 'CLIPSeqTools::App';


#######################################################################
#######################   Load External modules   #####################
#######################################################################
use Modern::Perl;
use autodie;
use namespace::autoclean;
use File::Spec;
use Data::Dumper;


#######################################################################
########################   Load GenOO modules   #######################
#######################################################################
use GenOO::GenomicRegion;

lib/CLIPSeqTools/App/count_reads_on_genic_elements.pm  view on Meta::CPAN

# Make it an app command
use MooseX::App::Command;
extends 'CLIPSeqTools::App';


#######################################################################
#######################   Load External modules   #####################
#######################################################################
use Modern::Perl;
use autodie;
use namespace::autoclean;


#######################################################################
##########################   Consume Roles   ##########################
#######################################################################
with 
	"CLIPSeqTools::Role::Option::Library" => {
		-alias    => { validate_args => '_validate_args_for_library' },
		-excludes => 'validate_args',
	},

lib/CLIPSeqTools/App/distribution_on_genic_elements.pm  view on Meta::CPAN

# Make it an app command
use MooseX::App::Command;
extends 'CLIPSeqTools::App';


#######################################################################
#######################   Load External modules   #####################
#######################################################################
use Modern::Perl;
use autodie;
use namespace::autoclean;


#######################################################################
#######################   Command line options   ######################
#######################################################################
option 'bins' => (
	is            => 'rw',
	isa           => 'Int',
	default       => 5,
	documentation => 'number of bins each element is split into.',

lib/CLIPSeqTools/App/distribution_on_introns_exons.pm  view on Meta::CPAN

# Make it an app command
use MooseX::App::Command;
extends 'CLIPSeqTools::App';


#######################################################################
#######################   Load External modules   #####################
#######################################################################
use Modern::Perl;
use autodie;
use namespace::autoclean;


#######################################################################
#######################   Command line options   ######################
#######################################################################
option 'bins' => (
	is            => 'rw',
	isa           => 'Int',
	default       => 5,
	documentation => 'number of bins each element is split into.',

lib/CLIPSeqTools/App/export_bed.pm  view on Meta::CPAN

# Make it an app command
use MooseX::App::Command;
extends 'CLIPSeqTools::App';


#######################################################################
#######################   Load External modules   #####################
#######################################################################
use Modern::Perl;
use autodie;
use namespace::autoclean;


#######################################################################
##########################   Consume Roles   ##########################
#######################################################################
with
	"CLIPSeqTools::Role::Option::Library" => {
		-alias    => { validate_args => '_validate_args_for_library' },
		-excludes => 'validate_args',
	},

lib/CLIPSeqTools/App/genome_coverage.pm  view on Meta::CPAN

# Make it an app command
use MooseX::App::Command;
extends 'CLIPSeqTools::App';


#######################################################################
#######################   Load External modules   #####################
#######################################################################
use Modern::Perl;
use autodie;
use namespace::autoclean;
use PDL::Lite;


#######################################################################
#######################   Command line options   ######################
#######################################################################
option 'rname_sizes' => (
	is            => 'rw',
	isa           => 'Str',
	required      => 1,

lib/CLIPSeqTools/App/genomic_distribution.pm  view on Meta::CPAN

# Make it an app command
use MooseX::App::Command;
extends 'CLIPSeqTools::App';


#######################################################################
#######################   Load External modules   #####################
#######################################################################
use Modern::Perl;
use autodie;
use namespace::autoclean;


#######################################################################
##########################   Consume Roles   ##########################
#######################################################################
with 
	"CLIPSeqTools::Role::Option::Library" => {
		-alias    => { validate_args => '_validate_args_for_library' },
		-excludes => 'validate_args',
	},

lib/CLIPSeqTools/App/nmer_enrichment_over_shuffled.pm  view on Meta::CPAN

# Make it an app command
use MooseX::App::Command;
extends 'CLIPSeqTools::App';


#######################################################################
#######################   Load External modules   #####################
#######################################################################
use Modern::Perl;
use autodie;
use namespace::autoclean;
use List::Util qw(sum max);
use List::Util qw(shuffle);


#######################################################################
#######################   Command line options   ######################
#######################################################################
option 'nmer_length' => (
	is            => 'rw',
	isa           => 'Int',

lib/CLIPSeqTools/App/nucleotide_composition.pm  view on Meta::CPAN

# Make it an app command
use MooseX::App::Command;
extends 'CLIPSeqTools::App';


#######################################################################
#######################   Load External modules   #####################
#######################################################################
use Modern::Perl;
use autodie;
use namespace::autoclean;
use List::Util qw(sum);


#######################################################################
##########################   Consume Roles   ##########################
#######################################################################
with
	"CLIPSeqTools::Role::Option::Library" => {
		-alias    => { validate_args => '_validate_args_for_library' },
		-excludes => 'validate_args',

lib/CLIPSeqTools/App/reads_long_gaps_size_distribution.pm  view on Meta::CPAN

# Make it an app command
use MooseX::App::Command;
extends 'CLIPSeqTools::App';


#######################################################################
#######################   Load External modules   #####################
#######################################################################
use Modern::Perl;
use autodie;
use namespace::autoclean;


#######################################################################
##########################   Consume Roles   ##########################
#######################################################################
with
	"CLIPSeqTools::Role::Option::Library" => {
		-alias    => { validate_args => '_validate_args_for_library' },
		-excludes => 'validate_args',
	},

lib/CLIPSeqTools/App/size_distribution.pm  view on Meta::CPAN

# Make it an app command
use MooseX::App::Command;
extends 'CLIPSeqTools::App';


#######################################################################
#######################   Load External modules   #####################
#######################################################################
use Modern::Perl;
use autodie;
use namespace::autoclean;
use List::Util qw(min max);


#######################################################################
##########################   Consume Roles   ##########################
#######################################################################
with 
	"CLIPSeqTools::Role::Option::Library" => {
		-alias    => { validate_args => '_validate_args_for_library' },
		-excludes => 'validate_args',

lib/CLIPSeqTools/CompareApp/all.pm  view on Meta::CPAN

# Make it an app command
use MooseX::App::Command;
extends 'CLIPSeqTools::CompareApp';


#######################################################################
#######################   Load External modules   #####################
#######################################################################
use Modern::Perl;
use autodie;
use namespace::autoclean;


#######################################################################
#######################   Command line options   ######################
#######################################################################
option 'rname_sizes' => (
	is            => 'rw',
	isa           => 'Str',
	required      => 1,
	documentation => 'file with sizes for reference alignment sequences '.

lib/CLIPSeqTools/CompareApp/compare_counts.pm  view on Meta::CPAN

# Make it an app command
use MooseX::App::Command;
extends 'CLIPSeqTools::CompareApp';


#######################################################################
#######################   Load External modules   #####################
#######################################################################
use Modern::Perl;
use autodie;
use namespace::autoclean;
use File::Spec;
use File::Path qw(make_path);
use Data::Table;
use List::Util qw(min);


#######################################################################
#######################   Command line options   ######################
#######################################################################
option 'table' => (

lib/CLIPSeqTools/CompareApp/join_tables.pm  view on Meta::CPAN

# Make it an app command
use MooseX::App::Command;
extends 'CLIPSeqTools::CompareApp';


#######################################################################
#######################   Load External modules   #####################
#######################################################################
use Modern::Perl;
use autodie;
use namespace::autoclean;


#######################################################################
#######################   Command line options   ######################
#######################################################################
option 'table' => (
	is            => 'rw',
	isa           => 'ArrayRef',
	required      => 1,
	documentation => 'tsv file. Use multiple times to specify multiple tables.',

lib/CLIPSeqTools/CompareApp/libraries_overlap_stats.pm  view on Meta::CPAN

# Make it an app command
use MooseX::App::Command;
extends 'CLIPSeqTools::CompareApp';


#######################################################################
#######################   Load External modules   #####################
#######################################################################
use Modern::Perl;
use autodie;
use namespace::autoclean;
use PDL::Lite; $PDL::BIGPDL = 0; $PDL::BIGPDL++; # enable huge pdls


#######################################################################
#######################   Command line options   ######################
#######################################################################
option 'rname_sizes' => (
	is            => 'rw',
	isa           => 'Str',
	required      => 1,

lib/CLIPSeqTools/CompareApp/libraries_relative_read_density.pm  view on Meta::CPAN

# Make it an app command
use MooseX::App::Command;
extends 'CLIPSeqTools::CompareApp';


#######################################################################
#######################   Load External modules   #####################
#######################################################################
use Modern::Perl;
use autodie;
use namespace::autoclean;
use PDL::Lite; $PDL::BIGPDL = 0; $PDL::BIGPDL++; # enable huge pdls


#######################################################################
#######################   Command line options   ######################
#######################################################################
option 'rname_sizes' => (
	is            => 'rw',
	isa           => 'Str',
	required      => 1,

lib/CLIPSeqTools/PlotApp/cluster_size_and_score_distribution.pm  view on Meta::CPAN

# Make it an app command
use MooseX::App::Command;
extends 'CLIPSeqTools::PlotApp';


#######################################################################
#######################   Load External modules   #####################
#######################################################################
use Modern::Perl;
use autodie;
use namespace::autoclean;
use Statistics::R;


#######################################################################
#######################   Command line options   ######################
#######################################################################
option 'cluster_sizes_file' => (
	is            => 'rw',
	isa           => 'Str',
	required      => 1,

lib/CLIPSeqTools/PlotApp/conservation_distribution.pm  view on Meta::CPAN

# Make it an app command
use MooseX::App::Command;
extends 'CLIPSeqTools::PlotApp';


#######################################################################
#######################   Load External modules   #####################
#######################################################################
use Modern::Perl;
use autodie;
use namespace::autoclean;
use Statistics::R;


#######################################################################
#######################   Command line options   ######################
#######################################################################
option 'file' => (
	is            => 'rw',
	isa           => 'Str',
	required      => 1,

lib/CLIPSeqTools/PlotApp/distribution_on_genic_elements.pm  view on Meta::CPAN

# Make it an app command
use MooseX::App::Command;
extends 'CLIPSeqTools::PlotApp';


#######################################################################
#######################   Load External modules   #####################
#######################################################################
use Modern::Perl;
use autodie;
use namespace::autoclean;
use Statistics::R;


#######################################################################
#######################   Command line options   ######################
#######################################################################
option 'file' => (
	is            => 'rw',
	isa           => 'Str',
	required      => 1,

lib/CLIPSeqTools/PlotApp/distribution_on_introns_exons.pm  view on Meta::CPAN

# Make it an app command
use MooseX::App::Command;
extends 'CLIPSeqTools::PlotApp';


#######################################################################
#######################   Load External modules   #####################
#######################################################################
use Modern::Perl;
use autodie;
use namespace::autoclean;
use Statistics::R;


#######################################################################
#######################   Command line options   ######################
#######################################################################
option 'file' => (
	is            => 'rw',
	isa           => 'Str',
	required      => 1,

lib/CLIPSeqTools/PlotApp/genomic_distribution.pm  view on Meta::CPAN

# Make it an app command
use MooseX::App::Command;
extends 'CLIPSeqTools::PlotApp';


#######################################################################
#######################   Load External modules   #####################
#######################################################################
use Modern::Perl;
use autodie;
use namespace::autoclean;
use Statistics::R;


#######################################################################
#######################   Command line options   ######################
#######################################################################
option 'file' => (
	is            => 'rw',
	isa           => 'Str',
	required      => 1,

lib/CLIPSeqTools/PlotApp/libraries_relative_read_density.pm  view on Meta::CPAN

# Make it an app command
use MooseX::App::Command;
extends 'CLIPSeqTools::PlotApp';


#######################################################################
#######################   Load External modules   #####################
#######################################################################
use Modern::Perl;
use autodie;
use namespace::autoclean;
use Statistics::R;


#######################################################################
#######################   Command line options   ######################
#######################################################################
option 'file' => (
	is            => 'rw',
	isa           => 'Str',
	required      => 1,

lib/CLIPSeqTools/PlotApp/nucleotide_composition.pm  view on Meta::CPAN

# Make it an app command
use MooseX::App::Command;
extends 'CLIPSeqTools::PlotApp';


#######################################################################
#######################   Load External modules   #####################
#######################################################################
use Modern::Perl;
use autodie;
use namespace::autoclean;
use Statistics::R;


#######################################################################
#######################   Command line options   ######################
#######################################################################
option 'file' => (
	is            => 'rw',
	isa           => 'Str',
	required      => 1,

lib/CLIPSeqTools/PlotApp/reads_long_gaps_size_distribution.pm  view on Meta::CPAN

# Make it an app command
use MooseX::App::Command;
extends 'CLIPSeqTools::PlotApp';


#######################################################################
#######################   Load External modules   #####################
#######################################################################
use Modern::Perl;
use autodie;
use namespace::autoclean;
use Statistics::R;


#######################################################################
#######################   Command line options   ######################
#######################################################################
option 'file' => (
	is            => 'rw',
	isa           => 'Str',
	required      => 1,

lib/CLIPSeqTools/PlotApp/scatterplot.pm  view on Meta::CPAN

# Make it an app command
use MooseX::App::Command;
extends 'CLIPSeqTools::PlotApp';


#######################################################################
#######################   Load External modules   #####################
#######################################################################
use Modern::Perl;
use autodie;
use namespace::autoclean;
use Statistics::R;


#######################################################################
#######################   Command line options   ######################
#######################################################################
option 'table1' => (
	is            => 'rw',
	isa           => 'Str',
	required      => 1,

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