GenOO

 view release on metacpan or  search on metacpan

META.json  view on Meta::CPAN

      "configure" : {
         "requires" : {
            "ExtUtils::MakeMaker" : "0"
         }
      },
      "runtime" : {
         "requires" : {
            "DBI" : "0",
            "DBIx::Class::Core" : "0",
            "DBIx::Class::Schema" : "0",
            "Modern::Perl" : "0",
            "Moose" : "0",
            "Moose::Role" : "0",
            "Moose::Util::TypeConstraints" : "0",
            "MooseX::AbstractFactory" : "0",
            "MooseX::MarkAsMethods" : "0",
            "autodie" : "0",
            "namespace::autoclean" : "0",
            "strict" : "0"
         }
      },

META.yml  view on Meta::CPAN

generated_by: 'Dist::Zilla version 6.014, CPAN::Meta::Converter version 2.150010'
license: perl
meta-spec:
  url: http://module-build.sourceforge.net/META-spec-v1.4.html
  version: '1.4'
name: GenOO
requires:
  DBI: '0'
  DBIx::Class::Core: '0'
  DBIx::Class::Schema: '0'
  Modern::Perl: '0'
  Moose: '0'
  Moose::Role: '0'
  Moose::Util::TypeConstraints: '0'
  MooseX::AbstractFactory: '0'
  MooseX::MarkAsMethods: '0'
  autodie: '0'
  namespace::autoclean: '0'
  strict: '0'
resources:
  bugtracker: https://github.com/genoo/GenOO/issues

Makefile.PL  view on Meta::CPAN

  "CONFIGURE_REQUIRES" => {
    "ExtUtils::MakeMaker" => 0
  },
  "DISTNAME" => "GenOO",
  "LICENSE" => "perl",
  "NAME" => "GenOO",
  "PREREQ_PM" => {
    "DBI" => 0,
    "DBIx::Class::Core" => 0,
    "DBIx::Class::Schema" => 0,
    "Modern::Perl" => 0,
    "Moose" => 0,
    "Moose::Role" => 0,
    "Moose::Util::TypeConstraints" => 0,
    "MooseX::AbstractFactory" => 0,
    "MooseX::MarkAsMethods" => 0,
    "autodie" => 0,
    "namespace::autoclean" => 0,
    "strict" => 0
  },
  "TEST_REQUIRES" => {

Makefile.PL  view on Meta::CPAN

  "test" => {
    "TESTS" => "t/*.t"
  }
);


my %FallbackPrereqs = (
  "DBI" => 0,
  "DBIx::Class::Core" => 0,
  "DBIx::Class::Schema" => 0,
  "Modern::Perl" => 0,
  "Moose" => 0,
  "Moose::Role" => 0,
  "Moose::Util::TypeConstraints" => 0,
  "MooseX::AbstractFactory" => 0,
  "MooseX::MarkAsMethods" => 0,
  "Test::Class" => 0,
  "Test::Class::Load" => 0,
  "Test::Class::Moose" => 0,
  "Test::Class::Moose::Load" => 0,
  "Test::Class::Moose::Role::AutoUse" => 0,

cookbook/07-Plugins_And_Extensions.md  view on Meta::CPAN

could look like this


```perl
package GenOOx::Data::DB::DBIC::Species::Schema::SampleResultBase::MyCustom;


#######################################################################
#######################   Load External modules   #####################
#######################################################################
use Modern::Perl;
use Moose;
use namespace::autoclean;
use MooseX::MarkAsMethods autoclean => 1;


#######################################################################
############################   Inheritance   ##########################
#######################################################################
extends 'DBIx::Class::Core';

lib/GenOO.pm  view on Meta::CPAN

    ...
    # For more information and examples check the cookbook in L<https://github.com/genoo/GenOO/tree/master/cookbook>

=cut

# Let the code begin...


package GenOO;
$GenOO::VERSION = '1.5.2';
use Modern::Perl;

1;

lib/GenOO/Data/DB/DBIC/Species/Schema.pm  view on Meta::CPAN

=cut

# Let the code begin...

package GenOO::Data::DB::DBIC::Species::Schema;
$GenOO::Data::DB::DBIC::Species::Schema::VERSION = '1.5.2';

#######################################################################
#######################   Load External modules   #####################
#######################################################################
use Modern::Perl;
use Moose;
use namespace::autoclean;
use MooseX::MarkAsMethods autoclean => 1;


#######################################################################
############################   Inheritance   ##########################
#######################################################################
extends 'DBIx::Class::Schema';

lib/GenOO/Data/DB/DBIC/Species/Schema/SampleResultBase/v1.pm  view on Meta::CPAN

=cut

# Let the code begin...

package GenOO::Data::DB::DBIC::Species::Schema::SampleResultBase::v1;
$GenOO::Data::DB::DBIC::Species::Schema::SampleResultBase::v1::VERSION = '1.5.2';

#######################################################################
#######################   Load External modules   #####################
#######################################################################
use Modern::Perl;
use Moose;
use namespace::autoclean;
use MooseX::MarkAsMethods autoclean => 1;


#######################################################################
############################   Inheritance   ##########################
#######################################################################
extends 'DBIx::Class::Core';

lib/GenOO/Data/DB/DBIC/Species/Schema/SampleResultBase/v2.pm  view on Meta::CPAN

=cut

# Let the code begin...

package GenOO::Data::DB::DBIC::Species::Schema::SampleResultBase::v2;
$GenOO::Data::DB::DBIC::Species::Schema::SampleResultBase::v2::VERSION = '1.5.2';

#######################################################################
#######################   Load External modules   #####################
#######################################################################
use Modern::Perl;
use Moose;
use namespace::autoclean;
use MooseX::MarkAsMethods autoclean => 1;


#######################################################################
############################   Inheritance   ##########################
#######################################################################
extends 'DBIx::Class::Core';

lib/GenOO/Data/DB/DBIC/Species/Schema/SampleResultBase/v3.pm  view on Meta::CPAN

=cut

# Let the code begin...

package GenOO::Data::DB::DBIC::Species::Schema::SampleResultBase::v3;
$GenOO::Data::DB::DBIC::Species::Schema::SampleResultBase::v3::VERSION = '1.5.2';

#######################################################################
#######################   Load External modules   #####################
#######################################################################
use Modern::Perl;
use Moose;
use namespace::autoclean;
use MooseX::MarkAsMethods autoclean => 1;


#######################################################################
############################   Inheritance   ##########################
#######################################################################
extends 'DBIx::Class::Core';

lib/GenOO/Data/File/BED.pm  view on Meta::CPAN

=cut

# Let the code begin...

package GenOO::Data::File::BED;
$GenOO::Data::File::BED::VERSION = '1.5.2';

#######################################################################
#######################   Load External modules   #####################
#######################################################################
use Modern::Perl;
use autodie;
use Moose;
use namespace::autoclean;


#######################################################################
#########################   Load GenOO modules   ######################
#######################################################################
use GenOO::Data::File::BED::Record;

lib/GenOO/Data/File/FASTA.pm  view on Meta::CPAN

=cut

# Let the code begin...

package GenOO::Data::File::FASTA;
$GenOO::Data::File::FASTA::VERSION = '1.5.2';

#######################################################################
#######################   Load External modules   #####################
#######################################################################
use Modern::Perl;
use autodie;
use Moose;
use namespace::autoclean;


#######################################################################
#########################   Load GenOO modules   ######################
#######################################################################
use GenOO::Data::File::FASTA::Record;

lib/GenOO/Data/File/FASTA/Record.pm  view on Meta::CPAN

=cut

# Let the code begin...

package GenOO::Data::File::FASTA::Record;
$GenOO::Data::File::FASTA::Record::VERSION = '1.5.2';

#######################################################################
#######################   Load External modules   #####################
#######################################################################
use Modern::Perl;
use autodie;
use Moose;
use namespace::autoclean;


#######################################################################
#######################   Interface attributes   ######################
#######################################################################
has 'header' => (
	isa      => 'Str',

lib/GenOO/Data/File/FASTQ.pm  view on Meta::CPAN

=cut

# Let the code begin...

package GenOO::Data::File::FASTQ;
$GenOO::Data::File::FASTQ::VERSION = '1.5.2';

#######################################################################
#######################   Load External modules   #####################
#######################################################################
use Modern::Perl;
use autodie;
use Moose;
use namespace::autoclean;


#######################################################################
#########################   Load GenOO modules   ######################
#######################################################################
use GenOO::Data::File::FASTQ::Record;

lib/GenOO/Data/File/GFF.pm  view on Meta::CPAN

# Let the code begin...


package GenOO::Data::File::GFF;
$GenOO::Data::File::GFF::VERSION = '1.5.2';

#######################################################################
#######################   Load External modules   #####################
#######################################################################
use Modern::Perl;
use autodie;
use Moose;
use namespace::autoclean;


#######################################################################
#########################   Load GenOO modules   ######################
#######################################################################
use GenOO::Data::File::GFF::Record;

lib/GenOO/Data/File/SAM.pm  view on Meta::CPAN

=cut

# Let the code begin...

package GenOO::Data::File::SAM;
$GenOO::Data::File::SAM::VERSION = '1.5.2';

#######################################################################
#######################   Load External modules   #####################
#######################################################################
use Modern::Perl;
use autodie;
use Moose;
use namespace::autoclean;


#######################################################################
#######################   Interface attributes   ######################
#######################################################################
has 'file' => (
	isa      => 'Maybe[Str]', # undef value makes the parser read from STDIN

lib/GenOO/Data/File/SAM/Record.pm  view on Meta::CPAN

=cut

# Let the code begin...

package GenOO::Data::File::SAM::Record;
$GenOO::Data::File::SAM::Record::VERSION = '1.5.2';

#######################################################################
#######################   Load External modules   #####################
#######################################################################
use Modern::Perl;
use autodie;
use Moose;
use namespace::autoclean;


#######################################################################
#######################   Interface attributes   ######################
#######################################################################
has 'fields' => (
	traits  => ['Array'],

lib/GenOO/Data/Structure/DoubleHashArray.pm  view on Meta::CPAN

=cut

# Let the code begin...

package GenOO::Data::Structure::DoubleHashArray;
$GenOO::Data::Structure::DoubleHashArray::VERSION = '1.5.2';

#######################################################################
#######################   Load External modules   #####################
#######################################################################
use Modern::Perl;
use autodie;
use Moose;
use namespace::autoclean;


#######################################################################
#######################   Interface attributes   ######################
#######################################################################
has 'sorting_code_block' => (
	isa      => 'CodeRef',

lib/GenOO/GeneCollection/Factory/GTF.pm  view on Meta::CPAN

=cut

# Let the code begin...

package GenOO::GeneCollection::Factory::GTF;
$GenOO::GeneCollection::Factory::GTF::VERSION = '1.5.2';

#######################################################################
#######################   Load External modules   #####################
#######################################################################
use Modern::Perl;
use autodie;
use Moose;
use namespace::autoclean;


#######################################################################
#######################   Load GenOO modules      #####################
#######################################################################
use GenOO::RegionCollection::Factory;
use GenOO::Transcript;

lib/GenOO/GenomicRegion.pm  view on Meta::CPAN

=cut

# Let the code begin...

package GenOO::GenomicRegion;
$GenOO::GenomicRegion::VERSION = '1.5.2';

#######################################################################
#######################   Load External modules   #####################
#######################################################################
use Modern::Perl;
use autodie;
use Moose;
use Moose::Util::TypeConstraints;
use namespace::autoclean;

subtype 'RegionStrand', as 'Int', where {($_ == 1) or ($_ == -1)};

coerce 'RegionStrand', from 'Str', via { _sanitize_strand($_) };

lib/GenOO/Helper/MyMath.pm  view on Meta::CPAN

=cut

# Let the code begin...

package GenOO::Helper::MyMath;
$GenOO::Helper::MyMath::VERSION = '1.5.2';

#######################################################################
#######################   Load External modules   #####################
#######################################################################
use Modern::Perl;


#######################################################################
#######################   Interface Functions   #######################
#######################################################################
sub mean {
# Calculates the mean of the values in an array
	my ($array_ref) = @_;
	my $n=0;
	my $result=0;

lib/GenOO/Module/Search/Binary.pm  view on Meta::CPAN

=cut

# Let the code begin...

package GenOO::Module::Search::Binary;
$GenOO::Module::Search::Binary::VERSION = '1.5.2';

#######################################################################
#######################   Load External modules   #####################
#######################################################################
use Modern::Perl;


#######################################################################
#######################   Interface Functions   #######################
#######################################################################
=head2 binary_search_for_value_greater_or_equal
  Arg [1]    : number. The target value
  Arg [2]    : array reference. Array in which the target value is searched.
               No assumption is made about the entries in the array and how to extract the actual values from them.
               The array must be sorted by value though.

lib/GenOO/Region.pm  view on Meta::CPAN

=cut

# Let the code begin...

package GenOO::Region;
$GenOO::Region::VERSION = '1.5.2';

#######################################################################
#######################   Load External modules   #####################
#######################################################################
use Modern::Perl;
use Moose::Role;


#######################################################################
#######################   Required attributes   #######################
#######################################################################
requires qw(strand rname start stop copy_number);


#######################################################################

lib/GenOO/RegionCollection/Factory/DBIC.pm  view on Meta::CPAN

=cut

# Let the code begin...

package GenOO::RegionCollection::Factory::DBIC;
$GenOO::RegionCollection::Factory::DBIC::VERSION = '1.5.2';

#######################################################################
#######################   Load External modules   #####################
#######################################################################
use Modern::Perl;
use autodie;
use Moose;
use namespace::autoclean;


#######################################################################
########################   Load GenOO modules   #######################
#######################################################################
use GenOO::RegionCollection::Type::DBIC;

lib/GenOO/RegionCollection/Type/DBIC.pm  view on Meta::CPAN

=cut

# Let the code begin...

package GenOO::RegionCollection::Type::DBIC;
$GenOO::RegionCollection::Type::DBIC::VERSION = '1.5.2';

#######################################################################
#######################   Load External modules   #####################
#######################################################################
use Modern::Perl;
use autodie;
use Moose;
use namespace::autoclean;


#######################################################################
########################   Load GenOO modules   #######################
#######################################################################
use GenOO::Data::DB::DBIC::Species::Schema;

lib/GenOO/RegionCollection/Type/DoubleHashArray.pm  view on Meta::CPAN

=cut

# Let the code begin...

package GenOO::RegionCollection::Type::DoubleHashArray;
$GenOO::RegionCollection::Type::DoubleHashArray::VERSION = '1.5.2';

#######################################################################
#######################   Load External modules   #####################
#######################################################################
use Modern::Perl;
use autodie;
use Moose;
use namespace::autoclean;


#######################################################################
#########################   Load GenOO modules   ######################
#######################################################################
use GenOO::Module::Search::Binary;
use GenOO::Data::Structure::DoubleHashArray;

lib/GenOO/TranscriptCollection/Factory/FromGeneCollection.pm  view on Meta::CPAN

=cut

# Let the code begin...

package GenOO::TranscriptCollection::Factory::FromGeneCollection;
$GenOO::TranscriptCollection::Factory::FromGeneCollection::VERSION = '1.5.2';

#######################################################################
#######################   Load External modules   #####################
#######################################################################
use Modern::Perl;
use autodie;
use Moose;
use namespace::autoclean;


#######################################################################
#######################   Load GenOO modules      #####################
#######################################################################
use GenOO::RegionCollection::Type::DoubleHashArray;

lib/GenOO/TranscriptCollection/Factory/GTF.pm  view on Meta::CPAN

=cut

# Let the code begin...

package GenOO::TranscriptCollection::Factory::GTF;
$GenOO::TranscriptCollection::Factory::GTF::VERSION = '1.5.2';
#######################################################################
#######################   Load External modules   #####################
#######################################################################
use Modern::Perl;
use autodie;
use Moose;
use namespace::autoclean;


#######################################################################
#######################   Load GenOO modules      #####################
#######################################################################
use GenOO::RegionCollection::Factory;
use GenOO::Transcript;

t/lib/MyTCM/AutoUse.pm  view on Meta::CPAN

package MyTCM::AutoUse;


#######################################################################
#######################   Load External modules   #####################
#######################################################################
use Modern::Perl;
use autodie;
use Moose::Role;
use namespace::autoclean;


#######################################################################
##########################   Consumed Roles   #########################
#######################################################################
with 'Test::Class::Moose::Role::AutoUse';

t/lib/MyTCM/Testable.pm  view on Meta::CPAN

package MyTCM::Testable;


#######################################################################
#######################   Load External modules   #####################
#######################################################################
use Modern::Perl;
use autodie;
use Moose::Role;
use namespace::autoclean;


#######################################################################
#################   Required methods and attributes   #################
#######################################################################
requires qw(_init_testable_objects _init_data_for_testable_objects);

t/lib_for_test_class/Test/GenOO.pm  view on Meta::CPAN

package Test::GenOO;

use Modern::Perl;

use base 'Test::Class';
use Test::More;

INIT { Test::Class->runtests }

#######################################################################
###########################   Class Methods   #########################
#######################################################################
sub class {